ينصح أخصائيون الأشخاص الذين يعانون من مشكلات صحية في الكبد والكلى بعدم تناول الثوم، لأنه يحتوي على عناصر سامة بنسب عالية، قد تسبب تفاقم حالتهم المرضية واضطراب العمليات الكيميائية في أعضاء الجسم بحسب موقع (رامبلر).كما لا ينصح بتناوله لمن يعانون من انخفاض ضغط الدم وأمراض العيون، والذين سيخضعون لعمليات جراحية، لأنه يحتوي على عناصر كيميائية تساعد في تخفيض كثافة الدم. كما يجب على النساء الحوامل والمرضعات عدم تناوله لاستحالة التنبؤ بتأثيره على الجنين والرضيع. كما أن للثوم تأثيرا سلبيا في اضطراب نبضات القلب وحصى المرارة والتهاب البنكرياس والصرع والحساسية. وقد دحضت نتائج الدراسات التي أجريت مؤخرا الاعتقاد السائد بأن الثوم فعال في مكافحة السرطان، ولكنه قد يكون مفيدا في الوقاية منه لأنه يعزز مناعة الجسم.