أصدر سمو الشيخ حمدان بن محمد بن راشد آل مكتوم، ولي عهد دبي رئيس المجلس التنفيذي قرار المجلس رقم (10) لسنة 2018 باعتماد الهيكل التنظيمي لهيئة دبي للطيران المدني على أن يكون لمُدير عام الهيئة إصدار القرارات اللازمة لتنفيذ أحكام هذا القرار، بما في ذلك اعتماد مهام الوحدات التنظيميّة المشمولة بالهيكل التنظيمي المُعتمد بموجب أحكامه. ويتكوّن الهيكل التنظيمي للهيئة من المدير العام، ويتبعه إدارة الاستراتيجية والتميز المؤسسي، وثلاثة مكاتب هي: مكتب المدير العام، ومكتب الشؤون القانونية، ومكتب التدقيق الداخلي. كما يضم الهيكل أربعة قطاعات رئيسية هي: قطاع سلامة وبيئة الطيران، وأمن الطيران والتحقيق في الحوادث، وقطاع النقل الجوي والشؤون الدولية، إضافة إلى قطاع الدعم والاتصال المؤسسي. ويُلغى قرار المجلس التنفيذي رقم (20) لسنة 2016 باعتماد الهيكل التنظيمي لهيئة دبي للطيران المدني، كما يُلغى أي نص في أي قرار آخر إلى المدى الذي يتعارض فيه وأحكام هذا القرار، ويُنشر في الجريدة الرسمية ويُعمل به من تاريخ صدوره.