أدانت الأمانة العامة لهيئة كبار العلماء التفجيرات الانتحارية التي استهدفت ثلاث كنائس بجمهورية إندونيسيا، وعدتها جريمة نكراء وظلما وعدوانا حرمته الشريعة الإسلامية، وجرمت مرتكبيه، والإسلام بريء من هذه التصرفات الإجرامية لما اشتملت عليه من أنواع المحرمات من غدر وخيانة وعدوان وإجرام وترويع للآمنين.وأكدت الأمانة أن الإسلام يحرم الإرهاب ويجرم مرتكبيه، وهو محض إفساد وإجرام تأباه الشريعة والفطرة، كما في عموم قوله تعالى "وإذا تولى سعى في الأرض ليفسد فيها ويهلك الحرث والنسل والله لا يحب الفساد".وأصدرت هيئة كبار العلماء وأمانتها العامة بالمملكة عددا من البيانات والقرارات في أحداث إرهابية مختلفة، بغض النظر عن جنسية أو دين ضحاياها، فحرمة الدم الإنساني وحرمة ترويع الآمنين معلومة من الدين الإسلامي بالضرورة، وقد أجمع علماء المسلمين قاطبة على تجريم الإرهاب، وأنه شر يجب اجتثاثه واستئصاله.وتشدد الأمانة العامة لهيئة كبار العلماء على أنه في طليعة الجرائم الإرهابية التي يجب أن تدان وتحارب ويستحق مرتكبوها العقوبات الزاجرة الرادعة استهداف دور العبادة وترويع الآمنين فيها، فذلك محرم في الشريعة الإسلامية بالنصوص القطعية.