دافع العدد الثاني من مجلة وكراسة «المرجع» التي يصدرها مركز دراسات الشرق الأوسط بباريس سيمو«Cemo»، بعدما انبرت الأذرع الإعلامية والبحثية التابعة لقطر وجماعة الإخوان في شيطنة المركز، باتهامه بمعاداة السامية والهوس «بنظرية المؤامرة الصهيونية» في محاولة للتأثير على النجاح الملحوظ الذي حققته المجلة والمركز في التعامل والتصدي للفكر المتطرف في أوروبا خلال الأشهر القليلة الماضية. وأكد العدد وفقاً لما نشره موقع «البوابة نيوز» أن المركز مؤسسة بحثية تعنى بدراسة الحركات الإسلاموية، وأنه لا يتطرق للقضايا والصراعات، التي تدور في الشرق الأوسط، وهو ما أكدته لجنة الخبراء والمستشارين لدى المركز بأن المؤسسة تعنى فقط بدراسة الحركات الإسلاموية ولا تتدخل في الشؤون الداخلية الفرنسية. وشمل العدد موضوعات عدة من بينها بروفايل عن رومان كاييه.. الجهادي الذي يقود الحملة القطرية ضد رئيس المركز، د. عبدالرحيم علي، ورد الأخير على جريدة «جورنال دوديمانش» الفرنسية، التي حاولت تشويه صورة المركز، فقد أكد ضرورة قيام الصحيفة الفرنسية بالتحقق من ادعاءات «كاييه» الذي لا يعد مصدرا موثوقا، فخلال الفترة الماضية ادعى بأنه خبير في شؤون الجماعات الجهادية، إلا أن وسائل الإعلام الفرنسية اكتشفت في مايو/‏أيار 2016 أنه مدرج على اللوائح الفرنسية للتطرف، كما سبق أن طرد من لبنان عام 2015 بسبب صلاته مع الجماعات الجهادية، كما يمتلك «كاييه» صلات مع الداعشي الفرنسي «فابيان كلين» الذي تبنى بصوته هجمات باريس الدموية في نوفمبر/‏تشرين الثاني 2015.لم يكن كاييه هو الذراع القطرية الوحيدة للنيل من المركز، فقد جندت قطر رجلها في الأوساط البحثية الفرنسية نبيل ناصري من أجل الهجوم على سيمو ودكتور علي، لذا أشار العدد الثاني في تقرير مفصل إلى المرصد القطري في باريس، وكيف بدافع الأموال القطرية تعرض لهجوم كبير على يد شخصيات مثل الناصري، فضلا عن تلفيق الأخبار الكاذبة للنيل من سمعة المركز ومؤسسه في تحدٍ صارخ لأخلاقيات المهنة الصحفية.العدد اشتمل أيضًا على تقرير بعنوان «القاعدة.. داعش.. الإخوان.. ورابعهم قطر» كشف الخيوط العنكبوتية الإرهابية التي تديرها قطر مما أدى إلى محاولة استهداف علي أكثر من مرة من قبل تلك الجماعات.كما اشتمل على مقالات متنوعة لعدد من الباحثين، أهمهم ريشار لابيفير حول تهمة معاداة السامية،مؤكدا أن الرئيس الفرنسي الراحل «شارل ديجول» لم يسلم من اتهامات معاداة السامية، مؤكدا أن تلك التهمة ألصقت في العادة بالأشخاص المشاكسين الباحثين عن الحقيقة في فرنسا، فيما تناول مقال للكاتب المصري محمد علي إبراهيم بعنوان «عبدالرحيم علي وهتلر والسامية» أكد فيه تعرض «عبد الرحيم علي» لافتئات على حرية التعبير والرأي وتجاهل الحقائق التاريخية، مطالبا بضرورة التمييز بين معارضة الصهيونية ومعاداة السامية.لم يتوقف ملف العدد على رد الاتهامات الخاصة بمعاداة السامية بل عمل على سبر أغوار مفهوم معاداة السامية في المجتمع المصري، فقد أكد الباحث «حسام الحداد» أن مصر هي الملاذ الآمن لليهود عبر العصور، فلليهود إسهامات متجذرة في التراث والحضارة المصرية مثل المغنية ليلى مراد وأيضا يعقوب صنوع رائد المسرح الوطني المصري، فيما أكدت الباحثة سمية أحمد أن المعابد اليهودية كانت وستظل في حماية الشعب المصري، ، واختتمت رئيسة الطائفة اليهودية ماجدة هارون في حوار لها مع مجلة المرجع بضرورة التفريق بين اليهودية والصهيونية، فاليهودية جزء من النسيج الوطني المصري.