تعرضت كنيسة السيدة العذراء الدمشيرية، للهدم والترميم عدة مرات خلال تاريخها القديم، فقد أمر الوالى على بن سليمان بن عبدالله بن عباس، والى مصر من قبل أمير المؤمنين الخليفة العباسى الهادى ابن عم أبوالعباس عبدالله مؤسس الدولة العباسية، بهدم هذه الكنيسة لأن منظرها يؤذى مشاعر الخارجين من الصلاة فى مسجد عمرو القريب، كما يذكر ساويرس ابن المقفع فى كتابه تاريخ البطاركة.الكنيسة أعيد بناؤها فى عصر الخليفة هارون الرشيد، وجددت على يد الوالى موسى بن نصير، حيث ذكر هذه الكنيسة فى كتاب المقريزي؛ ويروى أن كنيسة الست مريم المجاورة لكنيسة الأنبا شنودة فى مصر قد هدمت عام ٧٨٥م على يد والى مصر على بن سليمان بن عبدالله بن عباس، (من قبل أمير المؤمنين الهادي)، وقد أعيد بناؤها فى عصر الخليفة هارون الرشيد.وقد صرح الوالى (موسى بن نصير) بتجديد الكنائس التى هدمها الوالى السابق وتم ذلك فى ٧٨٦م - ٨٠٩م، ما يعنى أن هذه الكنيسة كانت قائمة قبل القرن الثامن.وأعيد ترميم الكنيسة ضمن أعمال الترميم التى قام بها البابا إبرام بن زرعة فى عهد حكم المعز لدين الله الفاطمى بعد معجزة نقل الجبل المقطم والتى أعيد فيها بناء كنيسة أبى سيفين وترميم كنيستى الست مريم والأنبا شنودة كما دمرت هذه المجموعة الديرية بكاملها فى الحريق الذى اضرمه شاور بن مجير السعدى فى نهاية الدولة الفاطمية، وأتت على كل الكنائس بالمنطقة ثم أعيد بناؤها فى زمن الدولة الأيوبية بعد انتصار صلاح الدين على الفرنجة. ثم أعاد تجديدها الأرخن ميخائيل منقريوس خير الله الذى حصل على اذن قاضى القضاة سنة ١٧٤٩ وهدم مبانيها بالكامل ونظف أرضيتها وحفر أساساتها واعاد بناؤها بتكلفة باهظة بلغت ٥٣٤٤٨ نصف فضة (عملة ذلك الوقت)، وانتهت أعمال البناء سنة ١٧٥٢ أى استغرق البناء نحو ثلاث سنوات فى زمن معاصر للأرخن الكبير إبراهيم وجرجس الجوهرى، وقد كلف هذا الأرخن الكبير فنان عصره يوحنا الأرمنى بتجميل وتزيين هذه الكنيسة.وفى حوالى عام ١٩٣٠ استطاع كاهن الكنيسة إثناسيوس تادرس بطرس القيام بعدة أعمال ترميم تحت إشراف وزارة المعارف، كانت مصلحة الآثار تابعة لوزارة المعارف، منها توسيع الكنيسة من الناحية الغربية والقبلية. وفى حبرية البابا شنودة الثالث وإشراف نيافة الأنبا متاؤوس أول أسقف عام لكنائس مصر القديمة وتبعه فى المسئولية الأنبا يوحنا ثم الأنبا سلوانس الذى حملوا المسئولية بعده، وفى عهد رعوية القمص المتنيح مينا شنودة والقمص يوحنا فؤاد، الذى أمكن الحصول على تصاريح وأذون بترميم الكنيسة على نفقة الكنيسة الكاملة وتحت إشراف وزارة الآثار فأمكن إحياء مبانيها قبيل الانهيار.سر تسمية الدمشيريةخلال محاولات ترميم الكنيسة، كان الكهنوت فى ذلك الوقت يورث عائليًا، وقد آل الكهنوت فى ذلك الوقت إلى إحدى الأسر التى تنتسب إلى بلدة دمشير بمحافظة المنيا، أدعى الكاهن أن تلك الكنيسة قد آلت إليه بالميراث شراء من آبائه، وإمعانًا فى حبك قصته المختلقة أزال من عليها اسم السيدة العذراء وأطلق عليها اسم (الدمشيرية) نسبة إلى عائلته.وقد رفض مغادرة الكنيسة أو حتى السماح لهذا الأرخن بترميم الكنيسة بل أطلق على الكنيسة اسم العذراء الدمشيرية نسبة إلى عائلته، واستمر هذا الأمر سجالًا بينهم سنوات إلى أن بدأت الكنيسة بالانهيار فعليًا، ما اضطر المعلم ميخائيل إلى التفاوض لشراء تلك الكنيسة من ذلك الكاهن، وقد أمكن له ذلك بعد عناء طويل، وبعدها بدأ استخراج ترخيص الهدم والبناء.