وجه السياسي المصري البارز محمد البرادعي، انتقادات لافتة إلى المؤسسة العسكرية المصرية، متهما إياها بالتمسك بامتيازات و"التلاعب بالموقف" خلال أحداث ما بعد عزل الرئيس محمد مرسي وقتل المعتصمين من جماعة الإخوان المسلمين، وأشاد بالتجربة التونسية التي ظل فيها الإسلاميون بالبرلمان، مشددا على أنهم يتعرضون للتشويه، ولكن لا يمكن أن "يتبخروا في الهواء." وقام البرادعي بوضع ترجمة عربية لحديث أجراه بعد غياب طويل عن الإعلام مع صحيفة "دي بريس" النمساوية، وتحدث خلاله عن الجيش المصري الذي قال إنه في السلطة منذ 60 عاما "ويتمتع بامتيازات لا يريد التخلي عنها." ولدى سؤاله عن عودة الجيش إلى السلطة وتحول الإسلاميين إلى العمل السري خارجها رد البرادعي بالقول: "هذه ليست نهاية القصة. في أوروبا استغرقت الحروب الدموية ثلاثة قرون لفك الاشتباك بين الدين والوطن والعرق و تمهيد الطريق للديمقراطية، فالتغيرات الاجتماعية لا تحدث في خط مستقيم و لكن في حركة دائرية، وبعد الثورات تحدث الثورات المضادة .. الشباب الذي قاد المظاهرات في ميدان التحرير يشعر بخيبة الأمل.. والآن هناك قوانين قمعية ومنع للتظاهر." وحول ما إذا كان ذلك يعني عودة النظام السابق رد البرادعي بالقول: "العديد من الوجوه و الافكار القديمة عادت.. ولكن عودة النظام كما كان مستحيل لأن ثقافة الخوف انتهت." وعلق على وضع جماعة الإخوان بالقول: "الإسلاميون لن يتبخروا في الهواء و من الخطأ دفع الإخوان المسلمين للعمل تحت الأرض .. وللتقدم يجب ادماج الإسلام السياسي." وحض البرادعي على "الوحدة الوطنية والاحتواء كما هو الحال في تونس" التي قال إن الإسلاميين فيها موجودون في البرلمان "عكس التشوية الذى نراه للإسلاميين في مصر اليوم" على حد تعبيره. مضيفا أنه لم يكن يعارض خوض الرئيس المعزول، محمد مرسي، الانتخابات من جديد لو كان استقال خلال المظاهرات المطالبة بتنحيه، مؤكدا أنه قبل منصب نائب الرئيس بعهد الرئيس الانتقالي، عدلي منصور، لأنه كان يريد "منع حرب أهلية" متهما الجيش بـ"التلاعب بالموقف" وإطلاق النار على معتصمي الإخوان في ميدانيي رابعة العدوية والنهضة. ويبدو أن تعليقات البرادعي، رغم ما حملته لصالح التيار الإسلامي، لم تكن كافية بالنسبة للكثير من الإسلاميين من أجل تجاوز مرحلة الخلاف معه، وفي هذا السياق، علق القيادي في جماعة الإخوان، قطب العربي، بالقول: "البرادعي شريك أساسي في جريمة الانقلاب وما تبعها من قتل.. يحاول الآن غسل يديه من هذه الجريمة الكبرى عبر تغريدات."