وافقت لجنة الشئون الدينية والأوقاف بمجلس النواب، برئاسة الدكتور أسامة العبد، علي المادة الأولى من مواد الإصدار بمشروع قانون إعادة تنظيم هيئة الأوقاف، والتي تنص على أن يعمل بأحكام هذا القانون المرافق بشأن إعادة تنظيم هيئة الأوقاف المصرية.بينما شهدت المادة الثانية من مواد الإصدار جدلا كبيرا والتي تنص علي أنه "في تطبيق أحكام هذا القانون تحل هيئة الاوقاف المصرية محل وزارة الأوقاف فيما لها من حقوق وما عليها من التزامات تتعلق بإدارة واستثمار الأموال التى تختص بها".واعترض جابر طايع رئيس القطاع الديني بوزارة الأوقاف علي المادة وقال إنها "تنسف وزارة الأوقاف"، وأضاف: "هذا النص فيه فجاجة وقوة وإبعاد لوزارة الأوقاف "، وذلك رغم أن الدكتور مختار جمعة وزير الأوقاف وافق على المادة كما هي، ورغم ذلك أصر رئيس القطاع الديني بالوزارة علي تعديل المادة لتنص علي استخدام كلمة "تنوب" بدلا من كلمة "تحل".وقال الدكتور مختار جمعة وزير الأوقاف: "هذه المادة ليست مستحدثة ومأخوذة نصا من المادة السابقة في القانون القديم، وكل ما حدث أنه تم حذف منها المؤسسات التي حصلت علي أموالها".واتفق الدكتور أسامة العبد رئيس اللجنة الدينية، مع وزير الأوقاف، وقال إن هناك فرق في القانون بين الإنابة والحلول، وكلمة الإنابة من شأنها أن تغير معالم القانون تماما، مشيرا إلى أنه معروف أن وزير الأوقاف هو ناظر الوقف.وكان رئيس لجنة الشئون الدينية، الدكتور أسامة العبد توافق مع وجهة نظر جابر طايع، في البداية، وقال "وزيرالأوقاف هو ناظر الوقف والعبارة توحي بسحب البساط لصالح الهيئة"، واضاف:"الهيئة مسئولة عن إدارة أموال الوقف واستثمارها"، واستطرد "المادة بها شبهة سحب البساط"، إلا أنه بعد تأمل المادة وتوضيح وزير الأوقاف الموقف أكد أن المادة لا مشكلة فيها ولا تسحب البساط من الوزارة. وردا على تساؤل للنائب محمد اسماعيل بشأن فلسفة القانون، قال العبد " كل يوم نعمل مشروعات قوانين ليست خاصة بالهيئة فقط، أوسع مشروعات قوانين على مسار تاريخ مجلس النواب كانت من خلال المجلس الحالي، فلا تتعجب من هذا الحياة مستمرة ومتجددة ونحن نجدد القانون".من ناحيته قال وزير الاوقاف محمد مختار جمعة: " إن كل النوايا تتجه لصالح الوقف وصالح المجتمع، وأشهد الله فيما اتعامل فيه إن القيادة السياسية ممثلة في الرئيس ورئيس الوزراء أكثر غيرة منا جميعا على مال الوقف"، مؤكدا على الانحياز لمال الوقف وحمايته والالتزام بضوابط الشرع.وبشأن المادة المثيرة للجدل أوضح جمعة أنها مادة مستقرة و ليست مستحدثة، ودعا لمطالعة القانون القديم ، وقال إن المادة منقولة نصا، وأضاف "لما الوزارة كانت تدير وانشئت هيئة الاوقاف انابتها في الادارة والاستثمار".وفي النهاية، ارجأت لجنة الشئون الدينية حسم المادة الثانية من مواد الإصدار من مشروع قانون إعادة تنظيم هيئة الاوقاف، لحين نظر مواد القانون الأخرى.واقترح وزير الأوقاف، محمد مختار جمعة، إضافة عبارة "تحت إشراف وزير الأوقاف"، بحيث يكون النص "في تطبيق أحكام هذا القانون تحل هيئة الأوقاف محل وزارة الأوقاف فيما لها من حقوق وما عليها من التزامات تتعلق بإدارة واستثمار الأموال التي تختص بها بإشراف وزير الأوقاف"، إلا ان اللجنة انتهت إلى التأجيل لمزيد من الدراسة .من جهته، حذر النائب عمر حمروش، أمين سر لجنة الشئون الدينية والأوقاف، من أن يكون القانون بداية لفصل إدارة الاوقاف عن الدعوة.