لاحظ تقرير ديوان الرقابة المالية والإدارية أن كميات مياه الصرف الصحي التي تستلمها محطة توبلي وخمس محطات معالجة فرعية تتجاوز طاقتها الاستيعابية، حيث تراوحت نسب المتوسط اليومي للكميات التي استلمتها تلك المحطات خلال الفترة 2014-2017 بين 124 و186% من الطاقة الاستيعابية للمحطة. وأشار التقرير إلى أن استلام المحطات كميات مياه صرف صحي تتجاوز طاقتها الاستيعابية أدى إلى زيادة انبعاث الروائح الكريهة بتلك المحطات والمناطق المحيطة بها، نتيجة لصعوبة التحكم في الغازات المصاحبة لمياه الصرف الصحي الإضافية التي تستلمها المحطات. وذكر تقرير ديوان الرقابة المالية والإدارية أن وزارة الأشغال أنشأت في العام 2004 مصنعًا لمعالجة وتجفيف المواد الصلبة الناتجة عن عمليات المعالجة بمحطة توبلي، وأوكلت مهام إدارة وتشغيل وصيانة المصنع منذ بداية تشغيله وحتى يناير 2017 إلى إحدى الشركات، ولاحظ التقرير وجود قصور في تنفيذ ومتابعة العقد الذي أبرمته الوزارة مع تلك الشركة، حيث ترتب عليه تدهور حالة المصنع وتراجع إنتاجيته وتلويث خليج توبلي. وذكر التقرير أن الشركة لم تتمكن من إنتاج الكمية المتفق عليها في العقد المبرم معها وهي 55 طنًا في اليوم والتي تعادل الطاقة الإنتاجية للمصنع، حيث تدنت نسبة إنتاجية المصنع مقارنة بطاقته الاستيعابية من 77% في سنة 2014 إلى 25% في يناير 2017، الأمر الذي أدى إلى تلويث خليج توبلي بسبب زيادة كمية المواد الصلبة الناتجة من عمليات المعالجة.