وجد علماء أن البكتيريا تلعب دورًا هامًا في جعل طعم القهوة رائعًا، من خلال محاربة الكائنات الحية الدقيقة الأخرى، وتتكاثر البكتيريا في حبوب البن أثناء عملية التخمير، حيث غالبًا ما تترك القهوة لمدة تصل إلى 24 ساعة لتحسين نكهة مشروب القهوة النهائي، وقال البروفيسور لوك دي فويست الذي أجرى الدراسة في جامعة فريجي في بروكسل: «إن فنجان القهوة هو المنتج النهائي لسلسلة معقدة من العمليات المتمثلة في الزراعة ومعالجة ما بعد الحصاد والتحميص والتخمير»، وهناك أنواع عديدة من معالجة البن ما بعد الحصاد، بينها المعالجة الرطبة، والمعالجة الجافة التي تعد الأكثر شيوعًا.