فازت جامعة عين شمس بثلاثة شراكات لمراكز التميز في مجالات الطاقة والمياه والزراعة بالتعاون مع الوكالة الأمريكية للتنمية الدولية USAID وعدد من الجامعات الأمريكية والمصرية، وتعد جامعة عين شمس هي الجامعة المصرية الوحيدة المشاركة في المجالات الثلاث على مستوى الجامعات المصرية.وفي مجال علوم الطاقة فازت جامعة عين شمس كشريك رئيسي ومقر لمركز التميز بالتعاون مع معهد ماساتشوستس التقني(MIT) الأمريكي بالتعاون مع تحالف يضم عددا من الجامعات المصرية هي المنصورة وأسوان.وفي مجال العلوم الزراعية تشارك جامعة عين شمس كشريك محلي مع جامعتي القاهرة وكورنيل الأمريكية في اطار تحالف يضم عددا من الجامعات الأمريكية هي جامعة بوردو، وولاية ميتشيجان وكاليفورنيا ديفس وعددا من الجامعات المصرية هي بنها، قناة السويس وأسيوط. وفي مجال المياة تشارك جامعة عين شمس كشريك محلي مع جامعة الاسكندرية والجامعة الأمريكية بالقاهرة بالتعاون مع تحالف دولي يضم عددا من الجامعات الأمريكية هي: كاليفورنيا سانت كروز وولاية يوتا وولاية واشنطن وجامعة تمبل وذلك بالتعاون مع جامعات مصرية هي أسوان، بني سويف والزقازيق.