استنكرت جامعة الأزهر ما نشر على موقع للتواصل الاجتماعي منسوبا إلى وكيل كلية التربية من كون الجامعة قامت بتعيين "عميد داعشي" معتبرة أن تلك التصريحات "افتراء على الجامعة المعروفة بكونها جامعة الفكر الإسلامي الوسطي" كما نفت وجود قيادات إخوانية في صفوفه. رد الجامعة جاء بعدما قال الدكتور يحيى نجم، وكيل كلية التربية جامعة الأزهر، إن الوقفة التي نفذها الأساتذة أمام مكتب العميد الجديد، محمد عبد العاطي جاءت بسبب عدم التزام إدارة الجامعة باتفاقها مع الكلية بتعيين العميد الجديد مستشارا وتولية الوكيل مهام العميد لحين انتخاب آخر، وذلك بعد قرار عبدالعاطي إغلاق قسم التربية الفنية، ما اعتبره نجم "نكسة كبيرة" واصفا العميد الجديد بأنه "الداعشي." وذكرت الجامعة – في بيان صحفي الإثنين – إن هذا الادعاء "يعد افتراء على الجامعة المعروفة بكونها جامعة الفكر الإسلامي الوسطي ورفضها للتطرف والإرهاب بأي صورة من الصور" داعية وكيل الكلية إلى "الخروج بتكذيب لما نشر كذبا وافتراء، وإلا فإن الجامعة ستحتفظ بحقها القانوني تجاه هذه الافتراءات." كما رد الأزهر الاثنين على ما ورد في مقابلة صحفية لياسر برهامي، نائب رئيس الدعوة السلفية، والذي ذكر فيه أن الأزهر يضم "قيادات إخوانية" قائلا إن برهامي "قام بتكذيب ما جاء على لسانه بالحوار الصحفي وصرح في وسائل الإعلام المختلفة أن المنشور قد تم تحريفه حيث انه لم يصرح أبداً بأن مشيخة الأزهر بها أحداً من الإخوان." وأشار البيان الى أن الأزهر "تصدى للإخوان بشجاعة وواجه مطامعهم ووقف مع الوطن في ثورته ضدهم في الثلاثين من يونيو، وانه قد واجه أعنف الحملات من الإخوان في وقت كانوا يتحكمون فيه في مصر، ووصلت حملاتهم ضد الأزهر الشريف إلى حد احتلال مشيخة الأزهر الشريف." وختمت المؤسسة الدينية الأكبر لدى السنة بالعالم بيانها بالقول إن الأزهر "لا يمكن أبداً أن يتغاضى عن وجود أي شخص يحمل أجندة هذا التنظيم، وجميع القيادات الحالية تعمل بإخلاص للدين والوطن وليس لديها وقت للدخول في هذه المعارك الوهمية المختلفة لأغراض لا تصب بالضرورة في مصلحة الوطن."