في الوقت الذي تجمّع فيه السودانيون في اعتصامهم خارج مقر القيادة العامة للقوات المسلحة، كان الرئيس السابق عمر البشير متواجداً في إحدى القاعات في نقاش محتدم، مع كبار القادة في الجيش والمخابرات لإقناعه بالتنحي. ورفض البشير أن يتنحى عن الرئاسة وترك القادة العسكريين في القاعة وانسحب من الاجتماع في الساعات الأولى من صباح الخميس، فيما استمر انعقاد الاجتماع وفقاً لـ "سكاي نيوز عربية"، دون الرئيس لأول مرة منذ أن أصبح قائداً أعلى للقوات المسلحة. وعقب خروج البشير من الاجتماع اتجه مباشرة إلى القصر الرئاسي، تحت حراسة مشددة، ولما لم يتأكد من نية الجيش والمخابرات بالتحرك ضده أم لا، غادر إلى مدينة "العيلفون" أو ما يطلق عليها "العيله فونج" الواقعة في شرق الخرطوم، والتي يمتلك فيها مزرعة خاصة، بناء على اقتراح من حرسه الخاص. ويعرف عن "العيلفون" أن مجموعة كبيرة من أتباع البشير، ورجال الأعمال المقربين منه، يقيمون بها، ولمّا علم الجيش بمغادرة البشير للقصر الرئاسي، ثم توجهه إلى "عيلفون"، لاحقته قوة عسكرية تمكنت من اعتقاله وهو في الطريق على أطراف المدينة. وأعقب ذلك اعتقال أبرز رموز نظام البشير وحزبه، وقبل أن تشير الساعة إلى الثانية ظهراً بتوقيت السودان، كان وزير الدفاع عوض بن عوف يلقي بياناً معلِناً اعتقال البشير والتحفظ عليه في مكان آمن.