أكدت دراسات حديثة تأثير الإجهاد العاطفي على بكتيريا الأمعاء، كون إشارات القناة الهضمية بحسب علماء تؤثر على الناقلات العصبية في الدماغ، والعكس بالعكس. وبالرغم من أن هذا البحث لا يزال مبكرًا؛ لكن يبدو أن الميكروبيوم والحالة العقلية للشخص قادران على التأثير على بعضهما البعض إلى حد ما. ويوضح علماء أن هناك دور للأدوية في عملية الهضم، لاسيما مسكنات الألم التي تصرف بدون وصفة طبية، والأدوية المستخدمة لعلاج ارتداد الأحماض والسكري والحالات النفسية. لكن أشهر الأدوية المعروفة لتغيير حركة الأمعاء هي المضادات الحيوية، فعلى الرغم من أنها توصف لقتل البكتيريا الضارة، إلا أنها يمكن أن تمحو البكتيريا بجميع أنواعها من الجهاز الهضمي. وحسب بعض الأطباء فإن المرضى الذين يتناولون المضادات الحيوية يصابون بالحساسية، أو يصبحون أكثر عرضة للإصابة بالعدوى، أو يعانون من مشاكل في حركة الأمعاء، كل ذلك بسبب تغير تكوين الكائنات المجهرية لديهم فجأة، فالمضادات الحيوية يجب أن توصف عندما تكون هناك حاجة لمحاربة الالتهابات البكتيرية، ولكن يجب على الأطباء والمرضى توخي الحذر بشأن الإفراط في الاستخدام. ومن السهل تحديد وجود مشكلة خاصة بالتخلص من الميكروبيوم لأي سبب من الأسباب، فالانتفاخ أو الغازات أو الإسهال أو آلام المعدة أو الغثيان، كلها علامات مباشرة على أن شيئًا ما في الأمعاء لا يعمل كما ينبغي، وغالبًا ما تصحح هذه الاختلالات نفسها بعد فترة قصيرة؛ لكن إذا أصبحت مزمنة، فقد تتطلب تشخيصًا وعلاجًا طبيًا، ويمكن لأطباء الجهاز الهضمي اختبار ظروف محددة مرتبطة بالميكروبيوم، مثل فرط نمو بعض أنواع البكتيريا، مع التأكيد على أن هناك أنواعًا من بكتيريا الأمعاء لا تسبب أعراضًا فورية، فقد يكون لديك بكتيريا في أمعائك لا تزيد من إنتاج الغاز أو تغير حركتك أو أي شيء قد تلاحظه، ولكنها على سبيل المثال قد ترتبط بزيادة خطر الإصابة بسرطان القولون.