كشف المهندس محمد ياسين المسئول عن أعمال ترميم مسجد السيدة فاطمة بباب الخلق، أن أعمال الترميم الخاصة بالمسجد كانت بتكلفة حوالي 3 ملايين جنيه بخلاف تكلفة المئذنة الأثرية. وأوضح ياسين في تصريحات خاصة للبوابة نيوز أن أعمال التطوير بالمسجد قد شملت دورات المياه وأماكن الصلاة وأنظمة الصوت، ودعم الأساسيات الخاصة بالمسجد، ومكان الوضوء وتم إنشاؤها بالكامل. مشيرا إلى أن مشروع تطوير المسجد قد بدأ منذ عام 2005 الا ان اعمال التطوير توقفت خلال فترة ثورة يناير عام 2011، وقد تم إسناد ترميم مئذنة المسجد لشركة المقاولون العرب منذ عامين بتكلفة تقديرية مليون و150 ألف جنيه. وأكد أن أهالى منطقة باب الخلق ساهموا في تكاليف أعمال الإضاءة الداخلية للمسجد تحت الإشراف الهندسي والأثري بوزارة الآثار. يعد محراب المسجد متممًا لسلسلة من التطوير المعماري في بناء المحاريب خلال القرن التاسع الهجري، وبجواره المنبر الأصلي للمسجد، وهو منبر من الخشب استخدم في تصميمه أسلوب الحشوات المجمعة، لجأ إلي هذا الأسلوب النجارون المسلمون للتغلب على ندرة الأخشاب الجيدة في ذلك الوقت.