يقول العلماء إن العلاج بالبروتون مقارنة بالعلاج الإشعاعي التقليدي يعد أقل آثار جانبية وبفعالية لا تقل عنه، وهو ما سوف يجنب المرضى معاناة تلك الآثار في حياتهم اليومية.قارنت الدراسة بين مرضى يعانون أمراضاً سرطانية مختلفة خضع بعضهم للعلاجين الكيماوي والإشعاعي بينما خضع البعض الآخر للعلاج بالبروتون، ووجد أن مجموعة العلاج بالبروتون تراجع لديهم خطر الآثار الجانبية بحوالي الثلثين مقارنة بمجموعة العلاج الإشعاعي وذلك خلال 90 يوماً من العلاج.وجد بالمقارنة بالعلاج الإشعاعي أن العلاج بالبروتون ارتبط بانخفاض كبير بمعدلات الآثار الجانبية الحادة التي تدخل المريض للمستشفى ما يعين المريض على ممارسة حياته اليومية من دون عناء كبير.وأظهرت مقارنة أخرى بين مجموعة العلاج الإشعاعي التقليدي ومجموعة العلاج بالبروتون أن الأخير لم تقل فعاليته عن التقليدي حيث عمل بكفاءة على علاج المرض وكان عدد الناجين من المريض الذين خضعوا له العدد الأكبر.