قام صندوق حماية البيئة في إطار دعمه المشروعات التى تتبنى أساليب الإنتاج الأنظف بتبني عدد من المشروعات وعلى رأسها « مشروع التخلص من المخلفات الصلبة يليها دعم مشروعات إدارة المخلفات الخطرة وحماية التنوع الطبيعى بما فيها المحميات الطبيعية».كما تشمل أولويات صندوق حماية البيئة المبادرات التى تهدف الى التخلص من المخلفات الصلبة أو إعادة تدويرها وخاصة فى المناطق السكنية المزدحمة والمناطق الصناعية ويدعم ايضا مشروعات التخلص من المخلفات الخطرة وخاصة فى المنشآت الطبية والتى تتكون من مراحل الفصل – النقل - الحرق أو التعقييم – الدفن يدعم الصندوق ايضا المشروعات التى تهدف إلى التخلص من المواد السامة مثل الزئبق أو المبيدات المهجورة.الأولويات البيئية فى مجال حماية الطبيعةويشجع صندوق حماية البيئة المشروعات التى تهدف إلى حماية التنوع الطبيعى بما فيها المحميات الطبيعية ويشجع الحفاظ على المحميات الطبيعية بالإضافة إلى تشجيع القطاع الخاص فى مجال الخدمات السياحية والسياحة البيئية وصيانة وتشغيل مراسى السفن والمراسى المعدة لاستقبال الصرف الصحى.