جاءت وفاة الرئيس المصري الأسبق محمد مرسي، لتفتح الباب للعديد من التساؤلات والتي على رأسها، مصير القضايا التي يحاكم فيها، وهل ستستمر في أروقة المحاكم أم ستنقضي بوفاته؟ وكان الرئيس الأسبق محمد مرسي قد توفي الاثنين، أثناء حضوره جلسة محاكمته في قضية التخابر، حيث طلب المتوفي الكلمة من القاضي، وقد سمح له بالكلمة وعقب رفع الجلسة أُصيب بنوبة إغماء توفي على إثرها، وتم نقل الجثمان إلى المستشفى وجار اتخاذ الإجراءات اللازمة. وبشأن القضايا التي كان يحاكم فيها محمد مرسي قال الخبير القانوني المستشار حاتم صادق، إن القضايا المتهم فيها الرئيس الأسبق محمد مرسي وفقًا للقانون، تنقسم إلى شقين، الأول يرتبط بشخصه، وتلك القضايا سقطت فور وفاته. وأضاف صادق وفقًا لـ“إرم نيوز“، أن هناك بعض القضايا التي كان متهمًا فيها محمد مرسي، ولكنها مرتبطة بتنظيمات أو بجماعة الإخوان المحظورة في مصر، وتلك القضايا لن تسقط وستستمر في المحاكم لحين الفصل فيها. وتابع الخبير القانوني أن المحاكمات مستمرة لأعضاء جماعة الإخوان، لحين الفصل فيها، ولن تؤثر وفاة الرئيس الأسبق على سيرها، مشيرًا إلى أن القضاء المصري سيقول كلمته في النهاية دون النظر لأي اعتبارات، لتحقيق العدالة. وأكد ذلك المحامي عمرو عبدالسلام، مضيفًا أنه بوفاة الرئيس محمد مرسي، تنقضي الدعوى الجنائية لجميع الجرائم التي كان يحاكم على ذمتها، ولم يصدر فيها حكم جنائي نهائي وبات، ومنها قضية التخابر مع حماس، وذلك طبقًا لنص المادة ١٤ من قانون الإجراءات الجنائية. وأضاف عبدالسلام أنه بخصوص القضايا التي صدرت فيها أحكام، فإن هذه الأحكام الجنائية تظل قائمة فيما تضمنته من أحكام مالية كالغرامات المالية والتحفظ على أمواله، وتنفذ بحق ورثته إن كان له مال مملوك سواء كان عقارا أو منقولا أو أرصدة في البنوك استيفاء لحق الدولة.قضايا انتهت بحكم نهائي وبات ضد محمد مرسي من أعلي الهيئات القضائية لإدانته فيها وهي:أحداث الاتحادية قضت محكمة النقض في 22 أكتوبر 2016 برفض الطعن المقدم من 9 متهمين، وهم الرئيس الأسبق محمد مرسي، وأسعد الشيخة، وأحمد عبد العاطي، وأيمن عبد الرؤوف هدهد، وعلاء حمزة، ومحمد البلتاجي، وعصام العريان، وعبد الحكيم إسماعيل، وجمال صابر، في القضية المعروفة إعلاميا بـ“أحداث قصر الاتحادية“، على الأحكام الصادرة ضدهم بالسجن المشدد 20 عامًا لسبعة والمشدد 10 سنوات لآخرين، وتأييد الحكم. وكانت محكمة جنايات القاهرة، قد أصدرت حكمها في 21 أبريل 2015 بمعاقبة الرئيس الأسبق محمد مرسي، والقياديين محمد البلتاجي وعصام العريان و10 آخرين، بالسجن المشدد 20 عامًا، والسجن المشدد 10 أعوام لإثنين آخرين، وذلك لإدانتهم باستعراض القوة والعنف والقبض والاحتجاز المقترن بالتعذيب البدني للمتظاهرين وفض اعتصامهم السلمي أمام قصر الاتحادية الرئاسي يومي 5 و6 ديسمبر 2012.التخابر مع قطر وفي 16 سبتمبر 2017 أيدت محكمة النقض، حكم إعدام 3 متهمين في قضية ”التخابر مع قطر“، وأصدرت حكمها بقبول عرض النيابة العامة شكلا وإقرارا، الحكم الصادر بإعدام المحكوم عليهم، ”أحمد علي عبده عفيفي، محمد عادل كيلاني، ومحمد إسماعيل ثابت“. وقضّت المحكمة أيضا، بقبول طعن المحكوم عليهم شكلا وفي الموضوع، بنقض الحكم المطعون فيه وتصحيحه علي النحو التالي: ”إلغاء عقوبة السجن 15 سنة المقضي بها على المحكوم محمد مرسي على الجريمتين المسندين إليه بالبندين رابعا وثامنا والاكتفاء بعقوبة السجن المؤبد المقضي بها عليه بالبندق تاسعا من الحكم المطعون فيه، وإلغاء عقوبة السجن 15 سنة المقضي بها علي أمين الصيفي عن الجريمتين المسندتين إليه في البندين خامسا وثامنا، والاكتفاء بعقوبة السجن المؤيد عن جريمة المسندة إليه بالبندق تاسعا، وإلغاء عقوبة السجن المشدد لمدة 15 سنة، المقضي بها على المحكوم عليه أحمد عفيفي بالبند عاشرا والاكتفاء بعقوبة الإعدام“. كما قضت المحكمة أيضا، بإلغاء عقوبة السجن المشدد على المتهم خالد حمدي رضوان، والاكتفاء بعقوبة السجن 15 سنة، وتغريمه 10 آلاف دولار، وإلغاء عقوبة السجن المشدد على المتهم محمد كيلاني والاكتفاء بعقوبة الإعدام. ورفض الطعن فيما عدا ذلك، وقبول طعن النيابة العامة شكلا وفي الموضوع بالرفض. وقررت المحكمة إحالة الأوراق إلى النائب العام، لاتخاذ اللازم نحو التحقيق والتصرف فيما نسب إلى رئيس قناة ”الجزيرة“ محمد بن جاسم، من أفعال ووقائع تنطوي على جرائم جنائية مؤثرة، بشأن التخابر على دولة أجنبية والإضرار بمصلحة البلاد، ومركزها الحربي والسياسي والدبلوماسي والاقتصادي، وإعطاء مبالغ مالية كبيرة بقصد ارتكاب عمل ضار بمصلحة قومية للبلاد.إهانة القضاء قضت محكمة النقض في أكتوبر 2018 بتأييد حبس مرسي 3 سنوات في الإساءة إلى رجال القضاء والتطاول عليهم .وهناك قضايا مستمرة ولن تنتهي بوفاة محمد مرسي وهي:التخابر مع حماس تنظرها محكمة جنايات القاهرة المنعقدة بمجمع المحاكم بطرة محاكمة الرئيس الأسبق محمد مرسي و23 اخرين من قيادات جماعة الاخوان في القضية المعروفة إعلامياً بـ ”التخابر مع حماس“ وإفشاء أسرار الدفاع عن البلاد لدولة اجنبية ومن يعملون لمصلحتها . وكانت محكمة النقض فى وقت سابق قد قضت بإلغاء أحكام الإعدام والمؤبد بحق الرئيس المعزول محمد مرسى و21 آخرين وقررت إعادة المحكمة. وفي ذات السياق كانت محكمة جنايات القاهرة أصدرت في 16  يونيو 2015 حكمًا بإعدام خيرت الشاطر ومحمد البلتاجى، وأحمد عبد العاطى بينما عاقبت بالسجن المؤبد محمد مرسى ومحمد بديع و16 آخرين والسجن 7 سنوات للمتهمين محمد رفاعة الطهطاوى، وأسعد الشيخة. وأصدرت محكمة النقض حكمها بإعادة محاكمة المتهمين الجديد بعد أن قضت محكمة جنايات القاهرة برئاسة المستشار شعبان الشامي بمعاقبة كل من المتهمين محمد خيرت الشاطر ومحمد البلتاجي وأحمد عبد العاطي السيد محمود عزت ومتولي صلاح الدين عبدالمقصود وعمار السيد البنا وأحمد رجب سليمان والحسن خيرت الشاطر وسندس شلبي وأبو بكر حمدي واحمد محمد الحكيم ورضا فهمي خليل ومحمد أسامة محمد العقيد وحسين القزاز وعماد الدين عطوة وإبراهيم فاروق الزيات بالإعدام شنقا.اقتحام الحدود الشرقية مازالت تنظرها الدائرة 11 إرهاب بمحكمة جنايات القاهرة، المنعقدة بمجمع محاكم طره، برئاسة المستشار محمد شرين فهمى تأجيل إعادة محاكمة المعزول محمد مرسى و28 آخرين في القضية المعروفة إعلاميًا بـ“اقتحام الحدود الشرقية“ جدير بالذكر أن المتهمين فى هذه القضية هم الرئيس الأسبق محمد مرسى و27 من قيادات جماعة الإخوان وأعضاء التنظيم الدولى وعناصر حركة حماس الفلسطينية وحزب الله اللبنانى على رأسهم رشاد بيومى ومحمود عزت ومحمد سعد الكتاتنى وسعد الحسينى ومحمد بديع عبد المجيد ومحمد البلتاجى وصفوت حجازى وعصام الدين العريان ويوسف القرضاوى وآخرين. وتأتي إعادة محاكمة المتهمين، بعدما ألغت محكمة النقض في نوفمبر الماضي الأحكام الصادرة من محكمة الجنايات، برئاسة المستشار شعبان الشامى بـ“إعدام كل من محمد مرسى ومحمد بديع المرشد العام لجماعة الإخوان ، ونائبه رشاد البيومى، ومحيى حامد عضو مكتب الإرشاد ومحمد سعد الكتاتنى رئيس مجلس الشعب المنحل والقيادي الإخواني عصام العريان، ومعاقبة 20 متهمًا آخرين بالسجن المؤبد“، وقررت إعادة محاكمتهم.