كشف تقرير هيئة الرقابة والتحقيق عن العام المالي المنصرم 1438- 1439 هـ عن انحصار أغلب البلاغات والشكاوى الوارده للهيئة عن وزارة التعليم وإدارتها بواقع 86% . ورصد التقرير بلاغات بشأن تجاوزات في التعيين والرواتب والترقيات ، منها تعيين أقارب بعض المسؤولين بجامعة طيبة ، وأقارب مسؤول تعليم بمحافظة حبونا . كما رصد مخالفات عن صرف رواتب بعض الموظفين المنقطعين عن العمل ، والسماح بعودة موظف لأحد الإدارات التعليمية بعد خروجه من السجن وهو مكفوف اليد . وكشف التقرير عن فساد في بعض التعيينات لغير المتخصصين ، وتظلم بتغيير بيانات ترقية موظفة ، وعدم حضور أحد المديرين لمقر عمله بجامعته إلا يوم واحد بالأسبوع ، وغيرها من المخالفات . يأتي هذا في إطار حرص الهيئة على الكشف عن أية مخالفات لتعزيز الرقابة والشفافية بمختلف المؤسسات لضمان تحقيق العدالة وتعزيز الناتج الوطني .