أصدر فضيلة الدكتور محمد المحرصاوي، رئيس جامعة الأزهر، قرارا بندب الدكتور أيمن فراج الأستاذ بقسم النبات والميكروبيولوجي بكلية العلوم بنين جامعة الأزهر بالقاهرة، رئيسا للقسم.تدرج فراج في التعليم الأزهري حتى تخرج من كلية العلوم بنين الأزهر وعين معيدًا بها عام 1991، ثم مدرسا مساعدا 1996، ثم مدرسا في 2000، ثم أستاذا مساعدا عام 2005، حتى حصل على درجة الأستاذية عام 2011، وهي أعلى درجة علمية.أشرف على ما يزيد عن خمسون رسالة علمية بين ماجستير ودكتوراه، وكذلك شارك في تحكيم العشرات من الرسائل العلمية في العديد من الجامعات المصرية، ونشر ما يزيد عن 50 بحث علمي دولي ومحلي، كما حضر العديد من المؤتمرات العلمية الدولية والمحلية.اختير ضمن لجنة النشر في العديد من المجلات العلمية الدولية، منها: المجلة الدولية الأمريكية للعلوم البيولوجية والهندسة الوراثية، والمجلة الدولية للعلوم البيئية، والمجلة الدولية للبيولوجي. ويشارك فراج ضمن لجنة التحكيم في عدد من المجلات العلمية، منها: مجلة الصيدلة المصرية، المجلة الدولية للعلوم الزراعية، مجلة الحبوب والزيوت البذرية، المجلة الأفريقية لأبحاث الميكروبيولوجي، مجلة العلوم الطبية، المجلة الدولية للعلوم البيولوجية والابتكار، والمجلة المصرية للبيولوجيا التجريبية. ألف فراج عدد من الأبحاث والكتب، منها: كتاب دولي في مجال البيئة كناشر فردي وحيد لدار النشر العالمية لامبرت بألمانيا تحت عنوان "سموم المحاصيل النباتية وصحة الإنسان"، وكتاب دولي في مجال نادر وهو "الفطريات المائية" مع أجانب آخرون لدار النشر العالمية سبرنجر.يشغل فراج منصب مدير مركز جامعة الأزهر لبيوتكنولوجيا التخمرات والميكروبيولوجيا التطبيقية، وعضو مجلس إدارة المركز الإقليمي للفطريات، عضو لجنة جودة التعليم بعلوم الأزهر، وعضو مشارك في اللجنة القومية لدراسة مستقبل مصر في الطاقة "برنامج مصر تقفز"، وعضو باللجنة الدائمة لترقية الأساتذة بعلوم الازهر، وعضو تحكيم لترقية الأساتذة بالمركز القومي لبحوث الإسكان شعبة الميكروبيولوجي. واختير فراج عضوا استشاريا بالهيئة العليا للاتحاد العربي الأفريقي للتنمية المستدامة، ومستشارا للبيئة بالاتحاد العربي الأفريقي للتنمية المستدامة المتكاملة، وسفيرًا عالميًا للنوايا الحسنة.جدير بالذكر أن كلية العلوم بنين جامعة الأزهر بالقاهرة برئاسة الدكتور محمد الشربيني، عميد الكلية، من الكليات الحاصلة على الاعتماد من الهيئة القومية لضمان جودة التعليم والاعتماد التابعة لمجلس الوزراء، خلال فترة عمادة الدكتور حسن سراج، عميد الكلية السابق.