ربطت دراسة طبية حديثة بين استهلاك الكافيين وتحسين مستوى البكتيريا المفيدة (الميكروبيوم) في الأمعاء، وهي تريليونات من الكائنات الدقيقة الحية التي تعيش في الجهاز الهضمي وتؤثر على صحة الإنسان العامة.وأظهرت العديد من الدراسات - خلال السنوات الماضية - وجود ارتباط بين استهلاك القهوة وتقليل فرص حدوث المخاطر الصحية من جميع الأنواع، خاصة مرض السكر النمط الثاني إلى أنواع معينة من السرطان، ومرض الشلل الرعاش، وفي الوقت ذاته، أشارت الأدلة إلى أن تركيبة الميكروبيوم في الأمعاء يمكن أن تؤثر على صحتك، إما عن طريق الترويج لخطر الإصابة بالأمراض أو الحد منها.ووجدت الدراسة الحديثة أن الميكروبيوم لمتعاقبي شرب القهوة يتمتعون بصحة جيدة بدرجة أكبر من أولئك الذين تناولوا كميات قليلة من القهوة.وفي الدراسة الحالية ، أخذ العلماء لأول مرة عينات الميكروبيوم الهضمي مباشرة من أجزاء مختلفة من القولون - دراسات سابقة درست عينات البراز فقط - وأظهر المشاركون البالغ عددهم 34 شخصًا الذين شربوا فنجانين أو أكثر من القهوة يوميًا على مدار العام الماضي أنه لم يتم العثور على صور ميكروبيوم أفضل من أولئك الذين تناولوا كميات أقل أو لا تحتوي على فنجان من القهوة ، وكانت الأنواع البكتيرية لشاربي القهوة الثقيلة أكثر وفرة وتوزع بالتساوي في جميع أنحاء الأمعاء الغليظة، وأكثر ثراءً في الخواص المضادة للالتهابات، وأقل احتمالًا بدرجة كبيرة لتشمل Erysipelatoclostridium، وهو نوع من البكتيريا المرتبطة باضطرابات التمثيل الغذائي والسمنة.وقال الباحثون إنه لا يزال من غير المؤكد لماذا تمارس القهوة مثل هذا التأثير الإيجابي على ميكروبيوم الأمعاء.. لكنها اقترحت أن الكافيين أو العناصر الغذائية الأخرى في القهوة قد تؤثر على عملية التمثيل الغذائي للبكتيريا.