اعتاد الهلال المشاركة في النسخة الجديدة من دوري أبطال آسيا، ففي 16 نسخة غاب في اثنتين ووصل إلى 3 نهائيات. ومنذ المسمى الجديد لدوري أبطال آسيا، ظهر الهلال في الأدوار الإقصائية للبطولة لأول في2007، عندما واجه الوحدة الإماراتي في ربع النهائي، قبل أن يقصى في لقاء الإياب. وواجه الهلال أم صلال القطري في دور الستة عشر من عام 2009، وهزم حينها الفريق الأزرق بركلات الترجيح، وفي الموسم اللاحق، تجاوز الهلال دور الستة عشر بفوزه إيابا على بونيودكور الأوزبكي وألحقه بالغرافة القطري لكنه فشل في عبور ذوب آهن الإيراني. وفي عام 2012 تجاوز الهلال نادي بني ياس الإماراتي بسبعة أهداف مقابل هدف قبل أن يتلقى واحدة من أسوأ هزائمه في دوري أبطال آسيا، رباعية نظيفة في ربع النهائي أمام أولسان الكوري الجنوبي. ووصل الهلال إلى النهائي الأول في النسخة الجديدة بعام 2014، بعدما تجاوز من بونديوكور الأوزبكي والسد القطري والعين الإمارتي، ليخسر أمام وسترن سيدني واندررز الأسترالي. وبعدها بعام، تغلب الهلال على بيرسيبوليس الإيراني بثلاثية نظيفة في دور الستة عشر والدحيل القطري بأربعة أهداف مقابل هدف في ربع النهائي، قبل أن يواجه شباب الأهلي الإماراتي في نصف النهائي ويودع البطولة. وعاد الهلال ليصل إلى ثاني نهائياته في النسخة الجديدة للبطولة في عام 2017، ليواجه أوراوا الياباني في النهائي ويتعادل على أرضه بهدف لمثله ويخسر في اليابان بهدف دون رد، فيما ودع الهلال البطولة في العام الماضي من من دور المجموعات.