على مدار عقود طويلة اعتمدت إسرائيل سياسة الاغتيالات في مواجهتها مع قوى التحرر الفلسطينية، وكان لجهاز الموساد الدور الأكبر في تنفيذ معظم عمليات الاغتيال بحق القادة الفلسطينيين من مختلف القوى والتنظيمات. عملية الاغتيال المزدوجة التي نفذتها الاستخبارات الإسرائيلية اليوم في دمشق وغزة والتي استهدفت عضو المكتب السياسي لحركة الجهاد أكرم العجوري، وبهاء أبو العطا القيادي البارز في سرايا القدس، سلطت الضوء مجددًا على التاريخ الدموي الحافل للاستخبارات الإسرائيلية ضد القيادات السياسية والعسكرية لحركة الجهاد الإسلامي. وينشر موقع الغد أبرز عمليات الاغتيالات الإسرائيلية التي استهدفت قادة حركة الجهاد الإسلامي: *اغتيال (فتحي الشقاقي) مؤسس وزعيم حركة الجهاد الإسلامي، تم اغتياله من قبل الموساد الإسرائيلي في مالطا يوم الخميس 28 تشرين أول/أكتوبر 1995. وجرى اغتياله وهو عائد إلى فندقه بعد أن أطلق عليه أحد عناصر الموساد طلقتين في رأسه من جهة اليمين؛ لتخترقا الجانب الأيسر منه، وتابع القاتل إطلاق ثلاث رصاصات أخرى عليه حتى استشهد. وكان الشقاقي أُبعد عن فلسطين في 1 آب/أغسطس 1988، عقب اندلاع الانتفاضة الفلسطينية في عام 1987. *اغتيال (هاني عابد)، تم اغتياله في 2/ نوفمبر/ تشرين الثاني عام 1994م، أثناء صعوده مركبته أمام مبنى كلية العلوم والتكنولوجيا في مدينة خانيونس جنوب قطاع غزة، إذ يعتبر من قادة حركة الجهاد الإسلامي وشغل أيضا رئيس تحرير صحيفة الاستقلال التابعة للحركة،وتم اغتياله بوضع عبوة ناسفة في مركبته. * اغتيال الشهيد محمود الخواجا ويعد من رموز حركة الجهاد الإسلامي، وأحد مؤسسي الجناح العسكري للحركة، تم اغتياله 22 آيار/يونيو 1995، عملية اغتيال في مخيم الشاطئ بمدينة غزة، من خلال قيام مجموعة من المسلحين إطلاق الرصاص عليه بواسطة مسدسات كاتمة للصوت. * اغتيال ( محمود صقر راغب الزطمة) “أبا الحسن”، تم اغتياله في العاشر من نيسان \ أبريل عام 2003. ويعد المهندس العسكري الأول ومهندس العمليات الاستشهادية في سرايا القدس. * اغتيال قائد سرايا القدس في قطاع غزة (خالد شعبان الدحدوح)، تم استهدافه من خلال وضع عبوات ناسفة في الطريق التي يسلكها باتجاه مركبته وقد نفذت عملية الاغتيال في تاريخ 1آذار/مارس/ 2006. * اغتيال القيادي في سرايا القدس ( دانيال كامل منصور)، حيث تم اغتيالة في تاريخ /3 آب/ أغسطس 2014، خلال الحرب الأخيرة على غزة من خلال استهداف المنزل الذي يتواجد فيه. *اغتيال الشهيد عصام براهمة الذي يعد المؤسس الأول للجناح العسكري لحركة الجهاد الإسلامي في الضفة الغربية المحتلة، وتمت عملية الاغتيال في تاريخ 10/12/1992، بعد اقتحام مجموعة كبيرة من القوات المستعربة قرية عنزا. وشارك في عملية الاغتيال الميجر جنرال داني يتوم وموشي يعلون أحد جنرالات الاحتلال إلى جانب إيهود باراك. *اغتيال الشهيد محمود طوالبة الذي يعد من أشهر مقاتلي سرايا القدس في معركة جنين البطولية، تم اغتياله في السابع من نيسان/ أبريل عام 2002، بعد قصفة من قبل الطائرات الإسرائيلية، وتتهم إسرائيل طوالبة بقتل عشرات الجنود والمستوطنين الإسرائيليين. * اغتيال (مقلد حميد ) ويعد من مؤسسي حركة الجهاد الإسلامي وتقلد موقع قائد سرايا القدس، حيث تم اغتياله في 25 ديسمبر 2003. *اغتيال الشهيد صلاح الدين أبو حسنين، مسؤول الإعلام الحربي في سرايا القدس وتمت عملية الاغتيال في تاريخ 25 تموز/ يوليو 2014، فترة الحرب على غزة عام 2014. * اغتيال الشهيد محمد خليل الشيخ خليل، بواسطة الطائرات الإسرائيلية في تاريخ 25 أيلول/ سبتمبر 2005، وتتهمه اسرائيل بالوقوف وراء العشرات من العمليات العسكرية، أدت لمقتل عدد من الجنود الإسرائيليين وكان يتولى منصب قائد سرايا القدس في جنوب قطاع غزة. *اغتيال الشهيد بشير عبد الكريم الدبش أحد أهم القيادات العسكرية لسرايا القدس الجناح المسلح لحركة الجهاد الإسلامي وتمت عملية الاغتيال في 5 تشرين أول/أكتوبر 2004.