اعتمدت هيئة الزكاة والدخل لوائح وأنظمة قواعد عمل لجان الفصل في المخالفات والمنازعات الضريبية، إذ أجازت لمن صدر في شأنه قرار من الهيئة الاعتراض عليه لديها خلال ستين يوما من تاريخ الإبلاغ، وعلى الهيئة أن تبت في الاعتراض خلال تسعين يوما من تاريخ تقديمه.وتضمنت القواعد أنه في حال صدر القرار برفض الاعتراض، أو مضت مدة تسعين يوما دون البت فيه للمكلف خلال ثلاثين يوما من تاريخ إبلاغه برفض اعتراضه أمام الهيئة، أو مضي مدة التسعين يوما دون البت فيه يجب طلب إحالة الاعتراض إلى اللجنة الداخلية لغرض التسوية، فإذا رفض المكلف قرار اللجنة الداخلية بشأن التسوية، أو مضت المدة المحددة في قواعد التسوية دون الوصول إلى تسوية جاز للمكلف التقدم بدعوى التظلم من قرار الهيئة أمام لجنة الفصل خلال ثلاثين يوما من تاريخ إبلاغه بقرار اللجنة الداخلية، أو من مضي المدة المحددة في قواعد التسوية دون الوصول إلى تسوية ولا تشمل دعواه ما قد يكون تم التوصل في شأنه إلى تسوية مع اللجنة الداخلية، فيما تقام دعوى التظلم مباشرة أمام لجنة الفصل.وتتضمن المادة الثالثة من القواعد، أن يصبح قرار الهيئة محصنا وغير قابل للاعتراض عليه أمام جهة أخرى في ثلاث حالات هي: إذا لم يعترض المكلف لدى الهيئة على القرار خلال مدة ستين يوما من تاريخ تبليغه به، وإذا لم يقم المكلف دعوى التظلم أمام لجنة الفصل، أو لم يطلب إحالة اعتراضه إلى اللجنة الداخلية لغرض التسوية خلال ثلاثين يوما من تاريخ تبليغه بالقرار الصادر من الهيئة برفض اعتراضه، أو من مضي مدة تسعين يوما من تاريخ تقديم اعتراضه لديها على القرار دون البت فيه، والحالة الثالثة، إذا لم يقم المكلف دعوى التظلم أمام لجنة الفصل خلال ثلاثين يوما من تاريخ تبليغه بالقرار الصادر من اللجنة الداخلية في شأن التسوية، أو من مضي المدة المحددة في قواعد التسوية دون الوصول إلى تسوية.ونصت المادة الرابعة على أنه إذا كان موضوع التظلم يتعلق بقرار خاص بالربط فإن التظلم لا يؤثر على التزام المكلف بسداد مبلغ الضريبة المستحقة نظاما غير المعترض عليه، فيما تبلغ الأمانة العامة المدعى عليه بصحيفة الدعوى، ويجب عليه إيداع الرد خلال مدة لا تزيد على ثلاثين يوما من تاريخ تبليغه، وللدائرة بناء على طلب مسبب من المدعى عليه تمديد هذه المدة بما لا يزيد على مدة ثلاثين يوما أخرى، وإذا لم يقم المدعى عليه بإيداع الرد خلال المدة المقررة، تقوم الأمانة العامة بدراسة الدعوى وإحالتها إلى الدائرة المختصة.وتفصل الدائرة في الدعوى المعروضة أمامها خلال ستين يوما من تاريخ انعقاد أول جلسة فيها، إلا في الحالات التي تستدعي أكثر من ذلك وفق تقدير الدائرة، وإذا لم تكن الدعوى مهيأة للفصل فيها فتشطب الدائرة الدعوى، فإذا انقضت مدة ثلاثين يوما من تاريخ الشطب ولم يطلب المدعي السير فيها بعد شطبها أو لم يحضر بعد إعادة السير فيها في أي جلسة أخرى، فتعد الدعوى كأن لم تكن. ويجوز للمدعي -دون إخلال بالمدة المحددة لسماع الدعوى إقامة دعوى تقيد بقيد جديد.ويُعتبر المدعي تاركا لدعواه -دون إخلال بما اشتمل عليه نظام المرافعات الشرعية ونظام الإجراءات الجزائية في حالتين: إذا طلب منه إجراء يخص دعواه -يتوقف عليه الفصل في الدعوى- ولم يستجب لهذا الطلب في المهلة المحددة له أو خلال ثلاثين يوما من تاريخ الطلب أيهما أطول، والثانية: إذا تعذر على الدائرة تبلغيه بإجراء جوهري على العنوان الذي حدده في صحيفة دعواه.ويجوز وقف الدعوى بناءً على اتفاق أطرافها على عدم السير فيها مدة لا تزيد على مائة وثمانين يوما من تاريخ إقرار الدائرة لاتفاقهم، وإذا لم يعاود أطراف الدعوى السير فيها خلال الأيام العشرة التالية لنهاية الأجل؛ عُد المدعي تاركا دعواه.وتُحدد الدائرة موعدا لتسلم نسخة القرار لا تتجاوز ثلاثين يوما من تاريخ النطق به. وفي الحالات الاستثنائية التي لا يمكن للدائرة تسليم نسخة القرار خلال هذه المدة، تمدد الدائرة هذا الموعد المدة الكافية حسبما تراه على أن لا تتجاوز ثلاثين يوما أخرى، وعلى الدائرة تضمين قرارها ما يفيد أن لأي من أطراف الدعوى طلب استئناف القرار خلال ثلاثين يوما من اليوم التالي للتاريخ المحدد لاستلام القرار، وأن القرار يصبح نهائيا وواجب النفاذ بعد انتهاء هذه المدة، في حال عدم تقديم الاعتراض.