باشرت اللجان الضريبية أعمالها للفصل في المنازعات والمخالفات الضريبية، وذلك استنادا إلى الأمر الملكي، القاضي بالموافقة على قواعد عمل لجان الفصل في المخالفات والمنازعات الضريبية، وفقا للضوابط الواردة في الأمر. وتسهم الأمانة العامة للجان الضريبية في إدارة المنازعات الزكوية والضريبية بكفاءة وفاعلية، وذلك من خلال تقديم الدعم الإداري والقانوني والفني والمحاسبي للجنة الفصل في المخالفات والمنازعات الضريبية، واللجنة الاستئنافية للمخالفات والمنازعات الضريبية التي تعد قراراتها نهائية غير قابلة للطعن أمام أي جهة قضائية أخرى. وتتيح الأمانة إجراء جميع المعاملات والإجراءات عبر بوابتها الإلكترونية، حرصا منها على الإسهام في إنفاذ الأنظمة الزكوية والضريبية وحماية الحقين العام والخاص، وتوفير الوقت والجهد على المتعامل. ومن أبرز الخدمات التي تقدمها الأمانة العامة للجان الضريبية للمكلفين، خدمة التقاضي عن بعد التي تمكن المتعامل من تقديم الدعوى واختيار موعد جلسة النظر لحضور الجلسات عبر مكاتب التقاضي عن بعد حتى صدور القرار فيها وتسلمه إلكترونيا، حيث يأتي ذلك انطلاقا من حرص الأمانة الدائم والمستمر في تطبيق الأنظمة واللوائح والتعليمات، وتطبيق أعلى معايير الشفافية والوضوح مع المتعاملين وشركاء الأعمال للوصول لأعلى مستويات الجودة والفاعلية. ودعت الأمانة العامة للجان الضريبية المتعاملين إلى التواصل معها عن طريق رقم مركز الاتصال، والتعرف على مزيد من المواد التوعوية من خلال حساب الأمانة على حساب التواصل الاجتماعي "تويتر".