تضمن نظام العمل، ضوابط توقيع الجزاءات التأديبية على العامل، ومعاقبته من قبل صاحب العمل. وأوضحت المادة الـ66 من النظام، الجزاءات التأديبية التي يجوز لصاحب العمل توقيعها على العامل إذ شملت « الإنذار، الغرامة، الحرمان من العلاوة أو تأجيلها لمدة لا تزيد على سنة متى كانت مقررة من صاحب العمل، تأجيل الترقية مدة لا تزيد على سنة متى كانت مقررة من صاحب العمل، الإيقاف عن العمل مع الحرمان من الأجر، الفصل من العمل في الحالات المقررة في النظام». لا يجوز لصاحب العمل (شركة، مؤسسة، منشأة) معاقبة الموظف لارتكابه مخالفة في العمل، إلا بعد مخاطبته وإجراء تحقيق إداري وتسجيل مبرراته، ولا يجوز إيقاع العقوبة بعد مضي 30 يوماً على كشف المخالفة. كما أفادت المادة الثامنة والستون بأنه لا يجوز تشديد الجزاء في حالة تكرار المخالفة إذا كان قد انقضى على المخالفة السابقة مائة وثمانون يومًا من تاريخ إبلاغ العامل بتوقيع الجزاء عليه عن تلك المخالفة. وأكدت المادة التاسعة والستون أنه لا يجوز اتهام العامل بمخالفة مضى على كشفها أكثر من ثلاثين يومًا، ولا يجوز توقيع جزاء تأديبي بعد تاريخ انتهاء التحقيق في المخالفة وثبوتها في حق العامل بأكثر من ثلاثين يومًا. وكشفت المادة السبعون أن لا يجوز توقيع جزاء تأديبي على العامل لأمر ارتكبه خارج مكان العمل ما لم يكن متصلًا بالعمل أو بصاحبه أو مديره المسؤول، كما لا يجوز أن يوقع على العامل عن المخالفة الواحدة غرامة تزيد قيمتها على أجرة خمسة أيام، ولا توقيع أكثر من جزاء واحد على المخالفة الواحدة، ولا أن تُقتطع من أجره وفاءً للغرامات التي توقع عليه أكثر من أجر خمسة أيام في الشهر الواحد، ولا أن تزيد مدة إيقافه عن العمل دون أجر على خمسة أيام في الشهر