اعتمد مشروع قطار الحرمين السريع سلسلة من الإجراءات الوقائية للحد من انتشار فايروس كورونا المستجد " كوڤيد 19 "، من خلال تعقيم وتطهير مكونات المشروع من محطات، والمرافق العامة داخل المحطات، ومنصات المغادرة والوصول، والقطارات وتجهيزات عرباتها بالكامل.ويأتي الإجراء الوقائي من إدارة المشروع لضمان أعلى مستويات السلامة في الجانب الصحي، وبما يحقق اشتراطات المملكة في الجانب الوقائي لوسائل النقل، للحد من فرص تفشي فيروس كورونا المستجد .كما تتولى فرق العمل الوقائي يوميًا تحقيق أدّق الاشتراطات الصحية عبر التعقيم والتطهير لكافة المحطات ومرافقها وتجهيزات عربات القطارات الداخلية على اختلافها، حرصًا من إدارة مشروع ‫قطار الحرمين السريع على سلامة المسافرين .يُذكر أن المشروع نوّه في وقتٍ سابق لضيوفه بلغات متعددة عبر حساب قطار الحرمين على منصات تويتر، عن حرصه على تحقيق أعلى الاشتراطات الوقائية، بالنظر إلى ما يشهده المشروع من إقبال متزايد من المسافرين بين مكة المكرمة والمدينة المنورة مرورًا بجدة ومدينة الملك عبدالله الاقتصادية .