شهدت أسيوط مقرا لرئيس الارسالية الفرنسيسكانية فترة من الزمن امتدت من عام 1894 برئاسة الأب فنشنسو فراكاسيني إلى رئاسة الأب ماريانو ليبري عام 1922 – 1928.بدأ الرهبان الفرنسيسكان يترددون عليها منذ عام 1697 قادمين من جرجا وأخميم ولم يتمكنوا من الاستقرار فيها إلاّ في عام 1839. وكان قد عين في ذلك الوقت مديرا لمديرية أسيوط السيد سليم باشا فكان محبا للكاثوليك وعين أيضا السيد خليل أفندي الكاثوليكي رئيسا للكتبة ومعه كتبة كاثوليك أخرين، هؤلاء طلبوا من رئيس الارسالية أن يرسل لهم كاهنا لرعايتهم الروحية.. فعند وصوله هذا الطلب أرسل لهم في الحال الأب فولجنسيو دي توريلا، فأقام في منزل بالايجار ثم استطاع أن يشتري قطعة أرض في حي المجاهدين في غرب المدينة وذلك بمساعدة الكاتب خليل أفندي، وبني الرهبان أول كنيسة ودير لهم على نفقة إمبراطور النمسا الذي أهدي للكنيسة صورتين كبيرتين أحدهما للقديس فرديناند والأخري للقديسة حنة وبعض اللوازم الأخري.وقد دشنت هذه الكنيسة باسم القديس فرديناند في عام 1844م وعين في عام 1880 الأب سيرافينو دا باترينيوني راعيا ومكث بها 13 سنة ثم أزيلت الكنيسة لتهدمها في عام 1899م وقام الأب منصور ديللا أباديا سان سلفادور بإعادة بنائها على الطراز البازيليكي بثلاثة أروقة وثلاثة مذابح ووضع في المذبح الرئيسي صورة للقديس فرديناند أهداها الإمبراطور فرديناند للكنيسة.وفي المذبح الجانبي الايمن صورة للسيدة العذراء وفي المذبح الأيسر صورة للقديسة حنة والدة السيدة العذراء. وقد دشنت في عام 1900م على يد القاصد الرسولي المطران غودنسيو بونيفيلي، وكان قد عين في عام 1889 الكاهن الايبارشي الأب أنطون كابس راعيا للأقباط الكاثوليك (ولد عبد الملاك قرياقص الكابس الب انطون كابس النائب الرسولي في 2 ديسمبر 1842 ودرس بروما وسيم كاهنا بروما في 10 يونيو 1865 وعين راعيا على أخميم من 1876- 1879 وراعيا لأسيوط من 1889وعين بعد ذلك في طهطا وعين نائبا رسوليا منتدبا عام 1892 وتنيح في 30 يوليو 1896)وكان يقيم القداسات والطقوس الدينية في نفس الكنيسة حتى عام 1991 ثم القمص أنطون برايا في عام 1896 وخدم بها حتى عام 1945(ولد فرنسيس إسحاق القمص انطون برايا باخميم في 19 يناير 1866 ودرس في الكلية الشرقية ببيروت وسيم كاهنا ببيروت في 2 مايو 1896 وعين راعيا لأسيوط حتى انتقاله في 18 أبريل 1945).بدأ الدير في التصدع ففكر الرهبان في تركه والاقامة في منطقة شركة قلته حيث قام الأب فنشينسو بشراء قطعة أرض بجوار مدرسة راهبات قلب مريم الطاهر الفرنشيسكانيات في عام 1920 ثم بناء الدير مع الكنيسة وتركوا الفرنسيسكان الكنيسة الأول غرب البلد للأقباط الكاثوليك بمقابل مبلغ 1200 جنيها وكانوا يقيمون الصلوات في كنيسة مدرسة الراهبات لحين تم بناء الدير والكنيسة في شركة قلته عام 1924 في شارع التحرير وتولي بنائهما الأب مارينو ليبري رئيس الارسالية في ذلك الوقت والكنيسة على الطراز القوطي الايطالي وبها ثلاث مذابح وتعد من أجمل كنائس الوجه القلبي وقد دشنت في 20 يناير 1925 باسم جرحات القديس فرنسيس على يد القاصد الرسولي المطران اندريا كاسولو والمطران ايجينو نوتي والمطران تونيتسا النائب الرسولي في ليبيا. وفي عام 1950 بمناسبة السنة المقدسة تم تدشين تمثال القديسة تريزا الطفل يسوع وهي على فراش الموت وقد أصبحت الكنيسة مزارا مشهورا ويعرفها العامة باسم كنيسة سانت تريزا.وعقب فض اعتصام ميداني رابعة والنهضة في أغسطس 2013 قامت جماعة من المتطرفين بالتعدي على الكنيسة والدير وتدمير الكنيسة وإشعال النيران فيها ونهب محتويات الكنيسة من ملابس وكتب واواني وتماثيل ومقاعد وحرق المكتبة الملحقة بالكنيسة وعدة غرف بالدير وسكن الطلبة مما سبب خسائر كثيرة وبعد انتخاب الرئيس السيسي رئيسا على مصر وعد بأن يرمم الكنائس المتضررة على نفقة الدولة وفي عام 2015 تم تكليف الهيئة الهندسية للقوات المسلحة بعملية الترميم على أكمل وجه وتم الاحتفال بالتجديد يوم 25 نوفمبر 2016.