شكّل المختبر المركزي للأغذية التابع لأمانة المنطقة الشرقية نقلة نوعية في مستوى الرقابة وفحص الأغذية في المنطقة، من خلال رفع مستوى سلامة الأمن الغذائي والاهتمام بصحة المواطن والمقيم. حيث أنشأت الأمانة المختبر؛ للاستفادة من الدراسات والتقنيات الحديثة في مجال الأغذية والمياه، حيث جهزت ” المختبر المركزي للأغذية “، الذي يحتوي على أحدث الأجهزة والامكانيات المتقدمة بهدف التأكد من جودة وسلامة المنتجات الاستهلاكية المحلية ومطابقتها للمواصفات القياسية السعودية، وضمان وصول المنتجات الغذائية بجودة عالية للمستهلك بطريقة آمنة وصحية ويتكون المختبر المركزي للأغذية من عدة وحدات تعنى بالكشف المخبري مثل: وحدة سحب العينات التي تعمل على سحب العينات وتخزينها وتحليلها. كما يحتوي المختبر برنامجاً لمعالجة العينات الإيجابية، من خلال معالجة وتصحيح أوضاع المنشآت الغذائية في التحاليل الإيجابية، عبر تزويدهم بالشروط الصحية والظروف المناسبة لحفظ وتداول المواد الغذائية لضمان جودة وسلامة الغذاء. فيما تعمل وحدة الميكروبيولوجي التي تقوم بالعد الكلي للميكروبات التي تؤثر على جودة الغذاء، والكشف عن معظم الميكروبات المرضية المنقولة بالأغذية، وأخرى سُميت بـ ” وحدة كيمياء الأغذية ” التي تقوم بمراقبة جودة الغذاء من خلال مطابقة مكونات المواد الغذائية بشروط ومتطلبات المواصفات القياسية السعودية لتصنيع الغذاء، وذلك بإجراء التحاليل والاختبارات الكيميائية باستخدام أحدث التقنيات والأجهزة الحديثة. إضافة إلى بعض الخدمات التي تغطيها وحدة كيمياء الأغذية، ويتم تجميعها من الأسواق مثل العسل والسكريات، الحليب ومنتجاته، منتجات الفاكهة والخضروات، منتجات اللحوم والدواجن والأسماك، الزيوت والدهون، العصائر والمشروبات، التوابل والبهارات . وتعمل وحدة كيمياء المياه على التحليل الكيميائي لجميع مصادر المياه المعبأة وغير المعبأة، ومطابقتها بالحدود المسموح بها في المواصفة القياسية السعودية والكشف عن نسبة أيون البرومات بواسطة جهاز الأيونات الكروماتوجرافي، حيث تمتلك الوحدة العديد من التقنيات والأجهزة الحديثة التي تستخدم لتحليل المياه. فيما جُهز معمل متكامل لوحدة متبقيات المبيدات والسموم الفطرية يتضمن أحدث التقنيات لمواكبة ما هو مستخدم من أجهزة بالمعامل العالمية، بالإضافة أن المعمل لديه من الكوادر المدربة والمؤهلة للقيام بهذه التحاليل وفقاً لأحدث طرق التحاليل العالمية، وكذلك وحدة العناصر الثقيلة التي تختص بالعناصر الثقيلة والكشف عن العناصر النادرة في المنتجات الغذائية. وتسعى أمانة المنطقة الشرقية من خلال المختبر المركزي للأغذية الى كشف جميع أنواع الملوثات الجرثومية الممرضة والكيميائية السامة لتطبيق نظام الجودة على المنتجات الغذائية لضمان جودة وسلامة الغذاء.