أظهرت نتائج تحقيق قامت به مصالح الاستعلامات العامة للشرطة الجزائرية العام 2011، أن أكثر من نصف مساجد البلاد تسيطر عليها تيارات لا تتبنى بالضرورة التوجهات التي تدعو إليها الحكومة. وخلص التحقيق الذي نشرت بعض نتائجه صحيفة الوطن الصادرة بالفرنسية، أمس، إلى أن خمسة في المئة من المساجد تتبع مبادئ الأخوان المسلمين و10 في المئة بدون توجه (لأن الأئمة من الموظفين)، و20 في المئة تتبع تيار السلفية العلمية، و20 في المئة تتبع التيار المالكي الجديد، و45 في المئة تتبنى التيار المالكي التقليدي الذي ترافع له الحكومة وتعتبره مذهب الجزائريين. وأشار ذات المصدر نقلا عن مصدر أمني إلى وجود التيار القطبي الذي يستلهم أفكاره من أيدولوجية سيد قطب في بعض المساجد، لافتا أن هؤلاء المتحمسين للمشاركة في عمليات قتالية يمثلون الجناح السلفي المتشدد، ولكن من جهة الإخوان المسلمين. وكان وزير الشؤون الدينية والأوقاف، محمد عيسى، أشار أن 55 مسجدا في العاصمة الجزائر توجد تحت سيطرة التيار السلفي، غير أن متتبعين اعتبروا أن هذا الرقم بعيد جدا عن الحقيقة، وأن السلفية تسيطر على عدد كبير من مساجد الجزائر.