حققت الجامعة شهادة الاعتماد المؤسسي الكامل من الهيئة الوطنية للتقويم والاعتماد الأكاديمي وفقاً لقرار الهيئة الصادر في ٤ رمضان ١٤٣٦هـ. وقال مدير الجامعة المكلف الدكتور عبدالرحمن بن عبيد اليوبي بأن الاعتماد يمثل تتويجًا لجهود منسوبي الجامعة وشركائها من المجتمع، واعترافًا بجودة العمليات التعليمية والبحثية والإدارية ومجالات خدمة المجتمع التي تتبناها وتطبقها الجامعة. وأضاف بأن هذا الاعتراف الأكاديمي المتميز يمثل في نظر كافة منسوبي الجامعة وسيلة لتحقيق رسالة الجامعة في تطوير المعرفة والبحث والابتكار وريادة الأعمال. وأثنى سعادته على الجهود الكبيرة التي بذلها معالي الأستاذ الدكتور أسامة بن صادق طيب مدير الجامعة السابق والتي كان لها أكبر الأثر في تحقيق هذا الإنجاز المشرِّف. من جانبه أوضح وكيل الجامعة للتطوير الأستاذ الدكتور عبدالفتاح بن سليمان مشاط بأن تقرير فريق التقييم المستقل الذي أجرى المراجعة الخارجية للجامعة خلال شهر جمادى الأولى 1435هـ الموافق لشهر مارس 2014م أكد على أن الجامعة تلبي كافة معايير الاعتماد المؤسسي للهيئة الوطنية بجودة عالية. وقد أثنى التقرير على قدرة الجامعة على ضمان مستويات عالية من الجودة في كافة العمليات والممارسات الأكاديمية والبحثية على الرغم من كبر حجم الجامعة وتعدد فروعها وبرامجها، الأمر الذي يعكس توافر أنظمة جودة عالية المستوى وقدرات إدارية متمكنة تمكن القائمين على إدارة الجامعة من مراقبة وضمان جودة الأداء مما يعني مخرجات تعليمية متميزة بإذن الله. وأشار سعادته إلى أن إدارة الجامعة لم تدخر جهدًا في سبيل الوصول بالجامعة إلى الحصول على الاعتماد المؤسسي الوطني الذي يمثل بداية شراكة كبيرة مع الهيئة الوطنية للتقويم والاعتماد الأكاديمي حيث إن الجامعة تسعى للحصول على أكثر من أربعين اعتمادًا برامجيًا مع نهاية خطة الجامعة الخمسية الثالثة. وأوضح سعادة المشرف العام على إدارة الاعتماد الأكاديمي الأستاذ الدكتور عبيد بن علي آل مظف على أن تحقيق الجامعة للاعتماد المؤسسي يعكس طبيعة الأداء التعليمي والبحثي المتميز في جامعة المؤسس الذي يرتكز على أنظمة جودة تعليمية وبحثية وإدارية رائدة تراعي الالتزام بالمعايير الدولية المقبولة في مؤسسات التعليم العالي.