يتكون المبنى من أربعة أجزاء:الأول للمركز الطبي بأقسامه المختلفة، والثاني للمسجد وملحقاته، والثالث للممرات المغطاة والحدائق الداخلية، والرابع مواقف السيارات والحدائق الخارجية. ويحتوي الجزء الأول والخاص بالمركز الطبي وإدارة المنظمة الإسلامية على طابقين أساسيين، أرضي وأول، بالإضافة إلى سرداب مخصص لجميع الخدمات اللازمة للمركز، في الوقت الذي يحتوي فيه الجناح العلاجي على غرف علاج وصيدلية ومكتب اجتماعات واستراحة أطباء وغرف ملفات ومكتب رئاسة تمريض. وتبلغ مساحة المكتبة 453.25 متر مربع، وهناك صالات للأجنحة والمداخل وقاعة للمؤتمرات بمساحة 2143 متراً مربعاً، فيما تتسع القاعة الكبيرة لحوالي 400 شخص، أثثت بالكامل من قبل المتبرع بجميع أجهزة الاتصالات والسمع اللازمة للحضور. وتستخدم وزارة الصحة المركز لتقديم الخدمات العلاجية للمترددين عليه، وهي تتكفل بتقديم العديد من المساعدات له وأهمها طاقم العمل من أطباء وفنيين وإداريين وغيرهم. والهدف من إنتاج الدواء داخل معامل مختبرات المركز، هو ضمان خلوها من المواد الكحولية ومن المواد الأخرى المحرمة شرعا بل هو من المواد الحافظة أيضاً. ويقوم المركز حالياً بصرف الأدوية اللازمة للأمراض التي يعالجها، وهي الحساسية الأنفية والربو والصداع النصفي والسكري والجيوب الأنفية والتهاب المجاري البولية والبهاق وقرحة الإثنا عشر والقرحة المعوية، وهي أدوية مستخلصة بالكامل من النباتات الطبية، سواء كانت على شكل أقراص أو كبسولات أو أدوية سائلة، ويقدر عددها حالياً بحوالي 30 نوعاً. المسجد : وقد بني على الطريقة الإسلامية البديعة ومزين من الداخل بقبة ذات نقش إسلامي مذهب ومن الخارج مطلية بالذهب . مكون من ثلاثة طوابق الأرضي لصلاة الرجال ويتسع لحوالي 1500 مصل ومغطى بسجادة هي صورة من نقش القبة من الداخل والدور الثاني مصلى للنساء ومزود بمصعد وكذلك بدرج من الجانبين والدور الثالث مخصص لخدمات التكييف المركزي للمسجد وله ستة أبواب من النحاس المحلي بالنقش اليدوي . والمئذنة تخرج من بركة بها ماء من جميع الاتجاهات وارتفاعها 45 متراً والجزء العلوي مطلي بالذهب أيضاً . وعلى جانبي المسجد يوجد أماكن لوضوء الرجال والسيدات . 2ـ المركز الرئيس الجزء الأيمن مخصص استراحة لمرضى العيادات الخارجية ، والجزء الأيسر مخصص لرواد المكتبة . 3ـ الجناح الأيمن به عيادات خارجية لعلاج الأمراض التي يختارها المركز وتشمل في الوقت الحالي تقديم العلاج لثلاثة عشر مرضا حيث وصل عدد المترددين إلى 35466 مريضاً . 4ـ الجناح الأيسر : مكتبة زاخرة بكتب التراث والفقه والطب والصيدلة والعلوم المتعلقة بهم . 5ـ الدور الثاني يحتوى على الإدارة وقاعة اجتماعات مجلس أمناء المنظمة الإسلامية للعلوم الطبية . اقسام العلاج بالمركز : 1ـ القسم العلاج. 2 - قسم الأبحاث الدوائية. 3 ـ معمل الأجهزة الحساسة . 4ـ وحدة الميكروبيولوجيا. 5 ـ قسم الصيدلانيات . 6 ـ قسم العقاقير. 7 ـ قسم الكيمياء الحيوية . 8 ـ قسم كيمياء العقاقير. 9 ـ قسم الأقرباذين. والمسجد قد حقق المعادلة الصعبة وهي الجمع بين الاصالة والمعاصرة فمن ناحية المحافظة على الاصالة احتفظ بالشكل التقليدي للمسجد واحتفظ بمفردات التراث كالمئذنة والقبة والمشربيات والنقوش الاسلامية في السجاد والديكور الداخلي والخارجي كما حقق المعاصرة باستخدام احدث التكنولوجيا في فن البناء والاضاءة والصوتيات واصبح معلما من معالم العمارة الاسلامية المعاصرة ليس في الكويت ولكن في العالم كله . * وزارة الأوقاف