رغم أن السفر جواً يعتبر أحد أكثر الطرق الآمنة، إلا أنه مرتبط بالعديد من الأعراض الصحية والأمراض التي يجهلها الكثير من الأشخاص. ويجب على المسافر الحذر من البكتيريا والميكروبات التي تتواجد بكثرة على متن الطائرة، في ظل وجود الكثير من الأشخاص الغرباء، والاضطرار إلى الجلوس على مقربة منهم. كما قد يتواجد في الطائرة بعض الحشرات التي تنقل عدوى الأمراض. وتزيد إمكانية الإصابة بعدوى أثناء السفر جوّا بسبب انخفاض نسبة الرطوبة على متن الطائرة، ما يصيب الأغشية المخاطية بالجفاف ويجعل من دخول الميكروبات إلى الجسم أمراً سهلاً. وأظهرت دراسة صادرة عن مجلة أبحاث الصحة البيئية، أن المسافرين جواً هم أكثر عرضة للإصابة بالزكام بمعدل مائة مرة مقارنة بالأشخاص الآخرين، وقد تنتشر أمراض خطيرة مثل شلل الأطفال والحصبة والسل في الرحلات الجوية، لهذا يجب الحرص على إعطاء الأطفال اللقاحات اللازمة قبل السفر. وينصح الخيراء بضرورة دعم الجهاز المناعي للمسافر من خلال تناول الفيتامينات، والنوم بشكل كافي، وشرب الكثير من الماء قبل وأثناء السفر لمنع جفاف الجسم. ويعاني الكثير من المسافرين من متلازمة الدرجة السياحة، أي مرض تخثر الدم في الأوعية الدموية، بسبب جلوس المسافرين في مقعد الطائرة الضيق لساعات طويلة دون القدرة على التحرك. وتزيد إمكانية تخثر الدم مع زيادة وزن المسافر، والتقدم في السن، وإصابة المسافر بأمراض القلب ومشاكل الدورة الدموية. وتسبب هذه المتلازمة آلاف الوفيات سنوياً. ولمكافحة هذه المتلازمة، يجب شرب كمية كبيرة من الماء، وارتداء الملابس الفضفاضة أثناء السفر، والتحرك قليلاً في الطائرة. ويشكل ضجيج الطائرة خطراً على المسافر أيضاً، لأنه يصل إلى مستويات عالية ترتفع مع الاقتراب من مؤخرة الطائرة، ما قد يسبب فقدان حاسة السمع بسبب السفر المستمر وإذا تجاوز طول الرحلة أربع ساعات. ومن أعراض السفر الجلية أيضاً اضطراب ساعة الجسم البيولوجية، ما يؤدي إلى اضطرابات في المزاج والنوم، بالإضافة إلى أمراض القلب. لذا ينصح بالنوم أثناء الرحلة لتخفيف أثر التغيير الذي يطرأ على ساعة الجسم البيولوجية، وينصح بتناول الحبوب المنومة لتنظيم وقت النوم. ويوازي التعرض للإشعاعات الفضائية ضرر التعرض للأشعة السينية. وتزيد كمية الإشعاعات وأثرها كلما طالت مدة الرحلة.