أثار اختيار راعي كنيسة مارجرجس بالمطرية مرشحا رسميا في انتحابات البرلمان على قائمة تحالف المستقلين جدلا واسعا بين الأقباط خاصة الداعين منهم إلى ترسيخ الدولة المدنية وفصل رجال الدين عن السياسة. الكاهن المرشح اسمه العلماني مدحت فؤاد وهو أحد المعارضين لإنشاء أحزاب على أساس ديني، وحسب قوانين الكنيسة يمنع الرهبان فقط من الترشح، بينما الكهنة فلا يوجد قانون كنسي يمنع خوضهم الانتخابات. وأعاد إعلان القس بولا الترشح سيرة القمص بولس باسيلي الذي نجح في عام ١٩٧١ وشارك في البرلمان بقوة وقتها ورحل عام ٢٠١٠ ورفض أبناؤه خوض الانتخابات بعد تجربة والدهم الذي شارك في محادثات دولية بتكليف من الدولة وقتها. وأيضا القمص صليب متي الذي كان عضوا بارزا في الحزب الوطني وخاض الانتخابات التكميلية في عام ٢٠٠١ وتدخل البابا شنودة طالبا انسحابه بسبب مشاحنات بشبرا بينه وبين المرشح المنافس. الباحث إسحاق إبراهيم قال: لا أعتقد أن ترشح القس بولا فؤاد على قائمة تحالف المستقلين في انتخابات مجلس النواب تم بدون الحصول على موافقة قيادته الدينية. كثير من النقد الموجه لهذه الخطوة منطقي، خصوصًا أنه لطالما انتقد ترشح المشايخ ووجود مرشحين للأحزاب الدينية، وكذلك للخوف من الاستغلال والإساء لمنصبه الديني في معركة الانتخابات... قانونيًا لا يوجد ما يمنع ترشحه، وسبق لعدد من الكهنة من قبل خوض الانتخابات سواء على القوائم أو الفردي. ووجه المستشار محسن شفيق أحد أراخنة الأقصر رسالة إلى الكاهن قائلا "حصانة المسيح الأبدية أقوى من أى حصانة أرضية.. حصانة الكهنوت كرامة سمائية.. الكهنوت سِرُه الوداعة. السياسة سِرها الملاوعة.. وصية السيد المسيح له المجد لا تحلفوا البتة وأكيد أكيد بتوصى بها ذاتك ورعيتك وأهل بيتك. وجنابك لو فُزت ففرض عليك تقسم يمين يرفضه المسيح. فماذا ستقول لرعيتك بعد أن تحلف؟ ومن سيعطيك حِل وقانون توبة بعد حلفك؟ من رأيى تترُك هذا المضمار لأهل العالم أو تترك الكهنوت والاختيار لك تُطيع المسيح أو تُطيع أهل العالم.المؤيدون كان معظمهم من رواد مواقع التواصل رددوا أن رجال الدين وخاصة الأرثوذكس شاركوا في صياغة دساتير ١٩٢٣ م والأنبا بولا أسقف طنطا شارك في دستور الثورة". المستشار عاطف نظمي قال: "نحن ننادى بفصل الدين عن السياسة فكيف يتعامل رجل الدين في المجلس هل بصفة مواطن أم رجل دين رجل الدين مكانة داخل الكنيسة وليس مجلس النواب والبحث عن احتياجات المواطن من خلال الكنيسة وليس مجلس النواب يجب أن تكون هذه القرارات مدروسة من جميع النواحي ومدى تأثيرها على الوضع الأمني وهل القائمة التى ترشح عليها هذا الكاهن مقتنعة تماما بأن هذا الكاهن ينجح ككادر سياسى أم أن الأمر برمتة هو مغازلة الأقباط لدعم هذه القائمة؟".