طالب مجلس الشورى وزارة التعليم ومجلس شؤون الجامعات بدعم استقلالية الجامعات كما ينص عليه نظامها. وقال الشورى إنه على الجامعات العمل على زيادة الكفاءة الخارجية (مدى قيام الجامعات بتلبية متطلبات المجتمع وخطط التنمية) وكذلك الكفاءة الداخلية (الرسوب والتسرب) ووضع الحلول لزيادة كفاءتها، مع تشديد الرقابة على حماية الملكية الفكرية والتأكيد على الالتزام بأخلاقيات البحث العلمي. كما طالب الشورى، مجلس شؤون الجامعات بدراسة إعداد مشروع نظام لمكافحة الفساد العلمي بكافة أشكاله وصوره، وإعداد دراسة لإعادة تأهيل وتوزيع الموارد البشرية الإدارية. وطالب كذلك وزارة التعليم بإلغاء شرط “ألا يكون قد مضى على الثانوية العامة أو ما يعادلها مدة تزيد على خمس سنوات لقبول الطلاب والطالبات في الجامعات السعودية”، وهي توصية إضافية تقدم بها العضو أحمد الزيلعي.