جاء في بيان أصدره فيصل محمد صالح وزير الثقافة والإعلام الناطق الرسمي باسم الحكومة الانتقالية أن قرار البرهان يتناقض مع "الوثيقة الدستورية" الموقّعة في آب/أغسطس الماضي بين نشطاء مؤيدين للديمقراطية والقادة العسكريين. السودان يؤكد زيارة وفد إسرائيلي الأسبوع الماضي للخرطومالسودان : لجنة للتحقيق ستستمع لإفادات ضباط كبار في قمع تظاهرة حزيران/ يونيو 2019 وتابع بيان الحكومة الانتقالية أن "واجبنا كسودانيين أولاً وكجهاز تنفيذي وثق به شعب السودان لحماية مكتسبات ثورة ديسمبر المجيدة، يحتم علينا إعلان عدم موافقتنا على تكوين مجلس شركاء الفترة الانتقالية بصورته الحالية". وأوضح أن "ما تم نقاشه في الاجتماع المشترك بين مجلسي السيادة والوزراء وتمت الموافقة عليه من جانبنا حول دور مجلس الشركاء كان قاصراً فقط على أنه جسم تنسيقي لحل النزاعات والخلافات بين أطراف الفترة الانتقالية، ولا ينطبق هذا الوصف على الاختصاصات المنصوص عليها في قرار رئيس المجلس السيادي القاضي بتشكيل مجلس شركاء الفترة الانتقالية". وأفادت وسائل إعلام سودانية أن حمدوك أبلغ تحالف "قوى الحرية والتغيير" المعارض رفضه تفويض صلاحيات لمجلس شركاء الفترة الانتقالية. ونقلت عنه مصادر سياسية أنّ دور مجلس شركاء الفترة الانتقالية يجب أن يكون استشاريا فقط وألا يكون متداخلا في أنشطة الهيئتين التنفيذية والتشريعية أو تلك المحصورة بمجلس السيادة. وكان تحالف قوى الحرية والتغيير رأس حربة في قيادة الحركة الاحتجاجية ضد البشير ويؤدي دورا سياسيا أساسيا في السودان. وأعلن التحالف معارضته لقرار البرهان.