تشهد العلاقات بين إخوان اليمن ومليشيات الحوثي تطور غير مسبوق وتعاون على جميع الأصعدة على حساب الشعب اليمني الاعزل، من خلال الاتفاق من محور الشر الإيران القطري التركي، حيث ترعى كلتا الدولتين التنظيم الإرهابى وتمده بكافة أنواع الدعم المالى والعسكري، واحتضانها الناشطة توكل كرمان في تركيا التى طالما تنادى بمصالحة بين الحوثيين وجماعة الإخوان.ووفق هذه الدلالات يعتمد التنظيم على الفوضى والترهيب وتبنى الاغتيالات في العديد من مناطق اليمن تجاه كل من يقف أمام مشروعهم المشبوه القائم على رؤى طائفية وأجندات تخدم مصالحهم الإرهابية.ويستمر وأكاذيب جماعة الإخوان وحزبهم في اليمن يوما بعد يوم خيانات، ومراوغته للحكومة الشرعية المدعومة بدول التحالف العربي؛ حيث إن الإخوان يأكلون على كل الموائد، في محاولة لزعزعة الأمن ونشر الفوضى في مناطق سيطرة الحكومة الشرعية.وتعتمد أجندات الإخوان سياسة براجماتية تتبع التنظيم الدولى للإخوان الذى ينتمى له، بما يخدم أجندته الإرهابية، فتارة يتبنى مواقف ظاهرية مؤيدة للحكومة الشرعية، وتارة ينتقدها، بينما تتوافق أهدافه مع أهداف الحوثيين فيما يتعلق بأجندتها المدعومة من إيران عسكريا واستراتيجيا.وتشارك عناصر من جماعة الإخوان جنبا إلى جنب مع الحوثيين في الحديدة، ضد التحالف العربي، وقوات الشرعية اليمنية، بالإضافة لذلك قامت بتوفير إصدارات طائفية خاصة بميليشيات الحوثيين الموالية لطهران.ومن قبل في يوليو ٢٠١٤، أبرم الطرفان صفقة سياسية مع زعيم الحوثيين عبدالملك الحوثي، تتعلق بوقف القتال ضد الحوثيين، تحت دعاوى ظاهرية بأن هناك دولا إقليمية تريد تأجيج الصراع فيما بينهم، خاصة بعد إعلان جماعة الإخوان المسلمين اليمنية تنظيما إرهابيا.ويحاول التنظيم أن يقيم علاقات وطيدة مع كل المكونات اليمنية الجهوية والعشائرية والطائفية فلم يكن لديه في بادئ الأمر ثمة إشكالية مع الزيدية، ومن بعدهم الحوثية، وظل يقيم علاقاته بجميع الأطراف متقربا من السلطة في ذات الوقت، فمن المعروف أن الجماعة لم يكن لها موقف عقدي أو مذهبي معروف من الزيدية أو الإثني عشرية الإمامية مذهب الشيعة في إيران.