يعتقد البعض أن معقم اليدين يضاهي في فاعليته غسل اليدين بالصابون والماء العادي، لكن تقريرًا صادرًا عن المجلس الأمريكي للعلوم والصحة، كشف عن فاعلية الصابون في القضاء على الجراثيم مقارنة بمطهر اليدين.حيث تبين أن المطهر يقتل ما بين 60 إلى 95 % من الجراثيم، في حين أن غسل اليدين بالصابون والماء العادي يقضي عليها بنسبة 100 %، كما أن المطهرات التي تحتوي على نسبة كحول أقل من 60 % تساعد على نمو الجراثيم، وفقًا لتقرير نُشر في موقع insider.وأوضح التقرير أن لا شيء يضاهي غسيل اليدين جيدًا بالصابون، خاصة أن معقم اليدين ليس فعالاً مثل عملية غسل اليدين لمدة ثوانٍ، كما تبين أن المكون الرئيسي لمعقم اليدين هو «الأيزوبروبانول» المعروف بالكحول المحمر أو الإيثانول، والذي يعد فعالاً ضد بعض الفيروسات والبكتيريا، طالما يحتوي على كمية كافية من الكحول.وأشار التقرير إلى أن المطهرات ليست فعالة مثل غسل اليدين، نظرًا لأنها قد تكون منتهية الصلاحية، والعمر الافتراضي لفاعليتها تجاه الجراثيم محدود، وحدد التقرير أيضًا كيفية استخدام معقم اليد بشكل صحيح، من خلال أخذ الكمية المحددة منه ووضعها على يديك كلتيهما حتى تشعر بالجفاف، على أن تستمر تلك العملية نحو 20 ثانية.