تتميز محافظة القنفذة بكثر جزرها وشعابها المرجانية وإنتاجها السمكي حيث تمتلك المحافظة مقومات استراتجية لتكون مراكز جذب سياحي واستثماري كبيره على ساحل البحر الأحمر وفرص واعدة كبيرة مستقبلاً . حيث بلغ عدد الجزر بالمحافظة حوالي 68 جزيرة تمتد من جزيرة جبل دوقة شمال المحافظة إلى جزيرة جبل الصبايا جنوب المحافظة، ويبلغ طول الواجهة البحرية لمحافظة القنفذة حوالي 165 كيلومتر على البحر الأحمر ، ومن أشهر الجزر بالمحافظة جزيرة محمية “أم القماري ” وجزيرة ” جبل الصبايا ” وجزيرة ” جبل دوقه ” ، بالإضافة إلى العديد من الجزر مثل (الأغثم، أم القماري الفوقانية والتحية، أم الصيفة ، شعارين الجنوبية والشامية، أم العشم ، والصيل ، و جزيرة البلام أو جزيرة الميناء ، العقيقة ، والبطائن وثرى والطويلة أم الربيس ، أم على ، أم البساس ) . وقد جرى مؤخرا أعمال مسح بحري وبري لتوثيق الجزر والشعاب المرجانية ، وذلك عندما باشرت الهيئة العامة للمساحة الجيولوجية بمشاركة مختصين بمكتب وزارة البيئة والمياه والزراعة بمحافظة القنفذة و أهل الخبرة من الصيادين بالمحافظة ، أعمال المسح والتوثيق على مدار ثلاثة أيام عبر فريقان انطلقا على قوارب مكتب وزارة البيئة والمياه والزراعة لتوثيق الجزر والشعاب المرجانية و كانت نقطة الانطلاق من مرفأ الصيادين بالقنفذة . من جانبه أوضح مدير عام فرع وزارة البيئة والمياه والزراعة بمنطقة مكة المكرمة المهندس سعيد بن جار الله الغامدي أن الإنتاج السمكي في محافظة القنفذة حاليا يقدر بحوالي 5500 طن سنويا ، مؤكدًا على أهمية دور الوزارة مع الجهات ذات العلاقة في المحافظة على الثروة السمكية وإنمائها وتطويرها وحمايتها واستخدامها على نحو مستدام لتحقيق التنمية المستدامة ، ولضمان حسن استغلالها واستثمارها .