يعاني عدد كبير من الأفراد من الآلام البطن ويقومون بتشخيصها على أساس أنها القولون العصبي فى حين انها قد تكون نتيجة لمرض اخر مما يترتب عليه تناول علاج خاطئ أو نظام غذائي غير مناسب قد يزيد من الحالة سوء.ووفقا لما ذكره موقع " webmd" لا توجد اختبارات معملية محددة يمكنها تشخيص القولون العصبي، لذا فيتم التأكد من الاصابة بمعرفة الطبيب من خلال معرفة الاعراض وفحصها واجراء فحوصات للأمراض الأخرى التى تتسبب فى ظهور اعراض مشابهة للقولون للتمكن من استبعاد الاصابة بحالات معينة، مثل:المعاناة من عدم تحمل الطعام أو الحساسية مثل عدم تحمل اللاكتوز والعادات الغذائية الخاطئة.الأدوية مثل بعض مضادات الحموضة وأدوية ارتفاع ضغط الدم والحديد .وجود عدوىنقص الإنزيم حيث لا يقوم البنكرياس بإفراز ما يكفي من الإنزيمات لهضم الطعام أو تكسيره بشكل صحيحأمراض الأمعاء الالتهابية مثل التهاب القولون التقرحي أو داء كرونأحيانا يطلب الطبيب اجراء بعض الاختبارات للتأكد من متلازمة القولون العصبي ، وهى:اجراء التنظير السيني المرن أو تنظير القولون لاكتشاف علامات انسداد أو التهاب الأمعاء فى حال وجودها عند المعاناة من حرقة في المعدة أو عسر هضم يجب اجراء التنظير العلوي الأشعة السينيةاختبارات الدم للبحث عن فقر الدم عدد قليل جدًا من خلايا الدم الحمراء ، وعلامات العدوى، ومشاكل الغدة الدرقية .اختبارات عدم تحمل اللاكتوز أو حساسية الغلوتين أو الداء البطنياختبارات للبحث عن مشاكل في عضلات الأمعاءاختبارات البراز للدم أو الالتهابات.