على العكس فإن البكتيريا لها فوائد كثيرة، على الرغم من أنها تشتهر بأنها ضارة، وها ما نقدمها في السطور التالية.للبكتيريا العديد من الاستعمالات المختلفة في حياة الإنسان وفي الصناعات المختلفة، كما أنّ لها دوراً هاماً في الجانب الاقتصادي أيضاً، إذ إنّها على سبيل المثال تدخل في تصنيع المواد الغذائية المختلفة التي نقوم باستهلاكها يومياً، وربما كانت أبسط الأمثلة على ذلك هي البكتيريا التي تقوم بتحويل الحليب إلى مشتقاته المختلفة، فبعض أنواع البكتيريا تساعد في تحويل الحليب إلى الزبدة، واللبن، والجبن، وغيرها. وكذلك فإنّها تستخدم في المجالات الطبية أيضاً، فهي تدخل في إنتاج بعض الفيتامينات على سبيل المثال كفيتامين ب وفيتامين K، وتدخل أيضاً في إنتاج الإنسولين والذي يستعمل لعلاج السكري، كما يتم استخدامها لإنتاج المضادات الحيوية.