أعدت وزارة الشؤون البلدية والقروية ممثلة في الإدارة المركزية للمشاريع التطويرية، خطة متكاملة لتشغيل قطار المشاعر، وتوفير كل سبل الراحة لضيوف الرحمن من مستخدمي القطار خلال أداء مناسك الحج. وتستهدف خطة تشغيل قطار المشاعر نقل 370 ألف حاج من حجاج الداخل وحجاج دول مجلس التعاون الخليجي ودول جنوب آسيا وتركيا وأوروبا، وذلك وفقا للفئات المستهدفة للنقل بالقطار والمقدمة من قبل وزارة الحج. وتضمنت خطة تشغيل قطار المشاعر تحديدا دقيقا لمواقع مخيمات الحجاج المصرح لها باستخدام القطار ومسارات وصولهم إلى المحطات في مشعر منى ومنشأة الجمرات وعرفة ومزدلفة، حيث تم إصدار 6 فئات من التذاكر مع تحديد مواعيد التفويج للمحطات المخصصة لكل مجموعة للحد من الزحام والتكدس داخل المحطات أو المواقع المحيطة بها، وآلية دقيقة لبيع وتوزيع تذاكر صعود القطار على الحجاج المستهدفين وفقا لمستندات وزارة الحج وبموجب الرخصة الموسمية المعتمدة منها، وتشكيل فريق خاص لصرف التذاكر على أن يتولى بالتنسيق مع مديري محطات القطار بالمشاعر وضباط التفويج في جميع المحطات، الإشراف على البوابات الإلكترونية ومراقبة إجراءات فرز التذاكر على مداخل المحطات، فضلا عن تركيب 60 بوابة إلكترونية بعدد 7 مسارات لكل بوابة لتسهيل دخول الحجاج إلى محطات القطار التسعة في منى وعرفة ومزدلفة، وتجهيز المسارات بنظام استشعار إلكتروني (RFID) ونظام رصد حركة المارين في كل مسار والتعرف على حركة التذاكر إلكترونيا عن بعد، بجانب توفير عدد من الأنظمة لرصد وتسجيل أعداد الحجاج في كل بوابة ومحطة وربطها آليا بقاعدة البيانات الخاصة ببرامج التفويج والجداول الزمنية المعتمدة للتحكم في تدفقات الحجاج مستخدمي القطار، وفرز غير الحاملين للتذاكر قبل دخولهم للمحطات، كما تتضمن الخطة إجراءات دقيقة لإدارة الحشود أسفل وحول محطات القطار بالتنسيق مع الأمن العام ووزارة الحج والشركة المشغلة لمشروع القطار، كذلك إجراءات لحماية مناطق نزول الحجاج مستخدمي المحطات في مشعري عرفات ومزدلفة وتنفيذ عدد من البرامج التوعوية والإرشادية لمستخدمي القطار باللغات العربية والإنجليزية والأوردية، وتوزيع الإصدارات والمطويات التوعوية التي تتضمن مخططات دقيقة لمسارات التفويج للمحطات والجداول الزمنية لكل فئة، وعقد عدد كبير من الاجتماعات وورش العمل مع مندوبي مؤسسات الحج والطوافة ومسئولي تفويج بعثات الحج للتعريف ببرامج التفويج إلى المحطات والإرشادات الخاصة باستخدام التذاكر، كذلك عقد عدد من الاجتماعات التنسيقية مع الجهات المشاركة في تنفيذ الخطة، مثل وزارة الحج والأمن العام والدفاع المدني ووزارة الصحة والهلال الأحمر وأمانة العاصمة المقدسة، لتعزيز سبل التنسيق والتعاون في تفويج الحجاج للقطار وحماية سلامتهم، بالإضافة إلى تدشين موقع إلكتروني خاصة ببرنامج تفويج الحجاج مستخدمي القطار الذي يقدم معلومات تفصيلية عن مشروع قطار المشاعر، والجداول الزمنية للرحلات وخرائط مسارات الحجاج مستخدمي القطار من مخيماتهم إلى المحطات.