انتقد رئيس الموساد السابق، أفرايم هاليفي، نسب الساسة الإسرائيليين هجوم نطنز لإسرائيل، موضحا أن ذلك يحد من قدرة جيش الاحتلال الإسرائيلي على القيام بعمليات مستقبلية، في وقت تواصل أمريكا محادثاتها مع إيران بشأن الاتفاق النووي. ولفت هاليفي إلى أنه "تحت قيادة بنيامين نتنياهو فإن إسرائيل غيرت سياسة "الغموض" المتميزة برفض التعليق على العمليات ضد أهداف ودول معادية لإسرائيل، والتي غالبا ما تنسب إلى إسرائيل، الأمر الذي قد يحد من قدرتنا على القيام بعمليات"، وفقا لما ذكرته قناة "إسرائيل 24" العبرية. وقال هاليفي "على ما يبدو، يريد أولئك في القيادة السياسية أن ينسب الهجوم إلى إسرائيل. لذلك، يجب الافتراض أن الهجوم نفذ بالفعل من قبل أولئك المشتبه بهم الآن بارتكاب الهجوم". وأضاف أن "رفع الغموض يمكن أن يحد من قدرة إسرائيل على اتباع سياسة هجومية نشطة ويمكن أن يضر أيضا بقدرة البلاد على إجراء محادثات سرية". وشدد هاليفي على أن "إيران قد ترد على الهجوم المزعوم كما وعدت"، داعيا إسرائيل إلى عدم الاستخفاف بقدرات طهران"، وقال: "الإيرانيون لديهم الكثير من الأدوات التي لم يستخدموها ضدنا حتى الآن، لقد استخدموها ضد السعودية منذ ما يقرب من عامين، عندما هاجموا مصنعا للنفط السعودي ودمروا 50% من طاقته في تكرير النفط، مما أدهش العالم بتطورهم. لذا سنرتكب خطأ كبيرا إذا فكرنا في إيران كخصم لهه يدان فقط، هذا ليس صحيحا". وقال رئيس الموساد السابق إنه لا يعتقد أن الهجوم على نطنز سيثني الولايات المتحدة عن الانضمام إلى الاتفاق النووي لعام 2015، مؤكدا أن هذه ليست سياسة الرئيس جو بايدن فقط، بل إنها سياسة وطنية أمريكية اليوم، لذا سيتحدثون مع الإيرانيين بطريقة أو بأخرى".