تضم مكتبة المسجد النبوي نفائس ثمينة من الكتب والمخطوطات يزيد رصيدها عن 177 ألفا لا يوجد بعضها إلا بين رفوف خزانتها العريقة التي تعود إلى عام 580هـ، إضافة لأكثر من 41 مليون ورقة مؤرشفة رقميا. حظيت المكتبة العتيقة عام 1405هـ بزيارة خادم الحرمين الشريفين الملك سلمان بن عبدالعزيز -يحفظه الله- ملك الثقافة الشغوف بالقراءة والبحث والضليع بعلم التاريخ والأنساب وتأصيل الهوية الوطنية لتكون إحدى محطاته العديدة للاستزادة العلمية والاطلاع. وتقوم المكتبة في مقتنياتها على مجموعة من الكتب الموقوفة، فيما تعد النشأة الحقيقية لها في العهد السعودي بموافقة من الملك المؤسس -طيب الله ثراه- حين عين عليها أحمد ياسين الخياري، وتقع المكتبة حاليا يسار الخارج من باب العقيق والدخول إليها من السلم الكهربائي رقم 10، وتقع على مساحة 7442م، حيث تحتوي المكتبة على أكثر من 172548 كتابا و541 دولابا و 71 تصنيفا، وتتسع لأكثر من 300 زائر في الساعة، ويرتادها سنويا أكثر من 700 ألف زائر. وتتكون أقسام المكتبة من عدة أقسام، قاعة المطالعة للرجال وهي قاعة كبيرة تفتح أبوابها على مدى 24 ساعة وهي مهيئة ومجهزة بجميع الخدمات من التكييف والإضاءة وسقيا زمزم والفُرش والطاولات والكراسي وأجهزة الحاسب الآلي وأنظمة تقنية لاستقبال جميع الباحثين والزائرين في جوّ من الهدوء والسكينة، وتوجد بها جميع الكتب التي وردت عن طريق الشراء او الإهداء أو الوقف، كما تحتوي على قسم للغات غير العربية يحتوي على كتب بلغات مختلفة كاللغة الأردية والإنجليزية والفرنسية والتركية والفارسية والألمانية وغيرها، تبلغ أكثر من 21 لغة، ومن أقسام مكتبة المسجد النبوي قسم المكتبة الرقمية، وهي عبارة عن 71 جهاز حاسب آلي مرتبطة بشبكة داخلية يتم عن طريقها عرض جميع الدروس والكتب والصوتيات في المسجد النبوي لمشاهدتها والاستماع إليها عبر عدة نوافذ، كما يوجد قسم الخدمات الفنية الذي يهتم بتنظيم فهرسة الكتب وتجليدها وترميمها. قاعات المكتبة مجهزة بجميع الخدمات إحدى مخطوطات المكتبة مكتبة المسجد النبوي