حملت هيئة الرقابة والتحقيق ثلاث جهات مسؤولية تعطيل أعمال مشروع قطار الحرمين، إذ أكدت وجود معوقات واكبت سير تنفيذ مراحل المشروع من جهات حكومية ومن بينها (أمانة محافظة جدة، وأمانة العاصمة المقدسة، وإدارة مرور جدة). وبين تقرير صادر عن الهيئة تنفيذها جولات على المشروع، عقب توصية من لجنة الحج العليا لدراسة موضوع قطار الحرمين، وتأخر مراحل التنفيذ، إذ أوصت بقيام هيئة الرقابة والتحقيق برفع تقرير حديث عن مراحل الإنجاز التي وصل إليها مشروع القطار في مدة أقصاها شهر. وأكد التقرير أن الجهات الحكومية المذكورة تأخرت في إصدار التراخيص اللازمة للمشروع، مما دفع توجيهات عليا لإلزامها بالعمل على ما قضى به قرار مجلس الوزراء، والذي يحدد مدة لا تتجاوز 10 أيام من تاريخ استكمال جميع المتطلبات النظامية لإصدار التراخيص اللازمة للشركات المنفذة لمشروع القطار، والإسراع في إصدار التراخيص عند اكتمال المتطلبات النظامية.