تختزل مكتبة الحرم المكي الشريف نوادر المخطوطات، فالمسلمون أهل حضارة ممتدة وتاريخ عريق مليء بالإنجازات العلمية والعملية، والمخطوطات من التراث الإسلامي الثمين وتقدر بأكثر من ثلاث ملايين مخطوطة مبثوثة في مكتبات العالم الإسلامي والعالم، وبهذا لا نجد لدى أمة من الأمم ولا في أي لغة من اللغات هذا الكم الهائل من الثروة العلمية والمعرفية من المخطوطات، وبهذا انتشرت الحضارة الإسلامية وتأثرت فيها وبمجتمعها الحضارات والمجتمعات الأخرى. وتعد المخطوطات نواة مكتبة الحرم المكي الشريف التي انطلقت من صحن المطاف حينما أمر الخليفة العباسي ببناء قبتين القبة الأولى لحفظ المصاحف والمخطوطات، والأخرى للسقاية، حتى جاء العهد السعودي الزاهر وأمر الملك المؤسس عبدالعزيز – يرحمه الله – بوضع مكان مخصص لها وتستميتها بمكتبة الحرم المكي الشريف، كما دعمها بمجموعة من الكتب وسار على نهجه أبناؤه البررة من بعده، والمكتبة تحظى بدعم منقطع النظير. ولمعرفة المخطوطات لا بد لنا أن نقف عليها أكثر، فهي كل ما كتب بخط اليد على ورق أو جلد أو ما شابه ذلك قبل عصـر الطباعة. ولحفظ وحماية هذا التراث العربي والإسلامي والعناية به تم إنشاء مركز للمخطوطات يضم ما يزيد عن (7849 عنواناً)، بالإضافة إلى (372) مخطوطاً غير عربي (فارسي، تركي، أوردو)، و(2756) مخطوطاً مصوراً ورقياً، ومن فهارس المخطوطات (554 فهرساً) عربياً وإسلامياً، و(31476) مخطوطًا رقميًا، كما تم إعداد فهارس لهذه المخطوطات ليسهل الوصول إليها. إن مركز المخطوطات غني بالنوادر والذخائر العلمية حيث يقتني العديد من المخطوطات ذات القيمة التاريخية، ومن أقدم مخطوطات المكتبة: 1 – ( فوائد البزاز ) " الغيلانيات في أجزاء الحديث " لمؤلفه : محمد بن عبد الله بن إبراهيم الشافعي المتوفى سنة 354 هـ وتاريخ نسخه : جمادى الأولى سنة 494هـ . 2 - النسخة الوحيدة في العالم من ( مسند الموطأ ) لمؤلفه : عبد الرحمن بن عبد الله بن محمد الغافقي المتوفى سنة 381 هـ وتاريخ نسخه : 25 ربيع الأول سنة 693هـ . 3- النسخة الوحيدة الكاملة في العالم من : ( مجمع البحرين في زوائد المعجمين)، لمؤلفه : علي بن أبي بكر بن سليمان الهيثمي المتوفى سنة 807 هـ وتاريخ النسخ : سنة 857 هـ . وتسعى الرئاسة العامة لشؤون المسجد الحرام والمسجد النبوي دائما إلى تقديم أفضل الخدمات في كافة الجوانب، ولتحقيق ذلك و المحافظة على المخطوطات بطريقة مثلى فقد قامت بتوفير مكان مخصص ومجهز بأحدث أجهزة التعقيم المستمر بتقنية الأوزون وتنقية الجو من الرطوبة والأتربة داخل قاعةالمخطوطات. ومن جهة أخرى فقد تم عقد اتفاقية شراكة وتعاون مع دارة الملك عبدالعزيز بهدف الترميم والعناية للمخطوطات النفيسة في مكتبة الحرم المكي الشريف وتم العمل بعد هذا الاتفاق المبارك العمل على أكثر من مئة مخطوطة تعقيما وترميما.