يتميز المسجد النبوي بسمات معمارية فريدة في بناء القباب، التي تضم العديد من الدلالات الفنية والمعمارية والهندسية والجمالية، ولها وظائف لذات المكان، وتشكل القباب أحد أبرز العناصر المعمارية للمسجد النبوي، وتتخذ طابعا فريدا في تشكيلها ووظائفها وبنائها بطراز هندسي متقن يسمح بدخول الإضاءة الطبيعية والهواء إلى المسجد منذ تشييد القباب قبل مئات السنين، ومن أبرزها «القبة الخضراء»، التي تمثل أبرز الرموز المعمارية للمسجد.تراث مملوكيويعد المماليك، أول مَنْ بنى القبة على الحجرة الشريفة في المسجد النبوي، كما أوضح الباحث والمهتم بتاريخ المدينة المنورة د. فؤاد بن ضيف الله المغامسي، وذلك في النصف الثاني من القرن السابع الهجري، وتحديدا عام 678هـ/ 1279م في عهد السلطان الملك المنصور قلاوون الصالحي، فلم يكن قبل هذا التاريخ عليها قبة ولا بناء مرتفع، ومرت القبة الخضراء بمراحل متعددة في البناء، وكان لونها أبيض ثم صبغت باللون الأزرق، واستقر لونها على اللون الأخضر منذ عام 1253هـ/1837م، والقبة التي تليها في الحجم هي القبة المجاورة لها باللون الرصاصي، وتعرف بقبة «المحاريب».وظائف متعددةويحوي المسجد النبوي العديد من القباب الصغيرة المتناثرة، التي يبلغ عددها تقريبا 170 قبة تختلف في أشكالها وأحجامها، فبعضها ذات نوافذ، وبعضها مصمتة، وبعضها دائرية الشكل، وبعضها أشبه ما تكون بالشكل البيضاوي، وذلك يعود لعدة أسباب فنية ووظائف من أبرزها إتاحة دخول الإضاءة الطبيعية للمسجد.تنقية الهواءومن فوائد القباب أنها كانت وسيلة لتصريف الأبخرة الضارة قديما، إذ كان المسجد النبوي في السابق يضاء بالشموع، التي تخرج منها الأبخرة والهباب، فكانت النوافذ تساعد على عبور تيار هوائي بين القباب وأبواب المسجد النبوي والحصوة، ما يساعد على تلطيف الجو وتنقية الهواء داخل المسجد النبوي، كما يساعد على خروج هباب الشموع.صدى الصوتومن فوائدها أيضا ما يتعلق بالصوت، إذ لم تكن مكبرات الصوت موجودة قديما، فكانت القباب وتجويفاتها تساعد على انتقال صدى الصوت لعموم المسجد أو لمساحة كبيرة منه من قبل المبلغين، الذين يقع مقرهم في المكبرية منتصف الروضة المطهرة، كما تشكل القباب منظرا جماليا جليا من الداخل، فهناك إبداعات الخطاطين والنقاشين والرسامين بفنهم داخل بطن القباب من كتابات ورسومات.