بالإضافة إلى قمع التظاهرات بالذخيرة الحية في كثير من الأحيان، هاجمت القوات الأمنية عدة مستشفيات، وفق ما اكدت منظمة الصحة العالمية ولجنة الأطباء المركزية المؤيدة للديموقراطية والمناصرة للاحتجاجات. تم إخراج المصابين من سيارات الإسعاف أو حتى أسرّة المستشفيات عنوة كما اطلق الغاز المسيل للدموع على المستشفيات حيث تعرض الأطباء للضرب حتى في غرف العمليات، وفق ما ذكر الأطباء السودانيون. وذكر المتظاهرون الأحد أنهم سلموا تقريرين عن الحادث إلى مكتب المدعي العام في الخرطوم، بينما اشارت منظمة الصحة العالمية إلى وقوع هجمات "على مرافق الرعاية الصحية والعاملين فيها منذ تشرين الثاني/ نوفمبر 2021 في الخرطوم ومدن أخرى، تأكَّد منها وقوع 11 هجومًا". وقالت الطبيبة هدى احمد، إحدى المشاركات في التظاهرة، لوكالة فرانس برس "نحن خرجنا ضد الانتهاكات التي تحدث في المستشفيات بمهاجمتها واعتقال المصابين من داخلها". وأضافت "ظللت طوال أيام المواكب اعمل في مستشفى الخرطوم، اطلقوا علينا الغاز داخل المستشفى، ودخلت القوات إلى (قسم) الطوارىء" . ورغم ذلك، أكد المجتمع المدني، ومن ضمنه الكتلة السياسية المدنية الرئيسية "قوى الحرية والتغيير"، الأحد أنه وافق على عرض الأمم المتحدة بإقامة حوار للخروج من الأزمة، داعياً إلى تظاهرات جديدة الاثنين. منذ الانقلاب الذي نفّذه قائد الجيش السوداني الفريق أول عبد الفتاح البرهان على شركائه المدنيين في السلطة، في 25 تشرين الأول/اكتوبر، قتل 64 متظاهرا، بحسب نقابة الأطباء، فيما اشارت الشرطة الى مقتل احد عناصرها. وشددت منظمة الصحة العالمية على أنه "بينما لا تزال جائحة كوفيد-19 تمثل تهديدًا كبيرًا، ويتعرض الناس أيضًا لخطر الإصابة بأمراض مثل حمى الضنك والملاريا والحصبة والتهاب الكبد E، يتحتم على المرافق الصحية والعاملين في مجال الرعاية الصحية أن يواصلوا عملهم بدون عوائق". وتفيد الارقام الرسمية بإصابة 93973 شخصًا بكوفيد-19 في السودان، توفي منهم نحو اربعة آلاف. لكن عدد الوفيات بسبب الوباء في السودان أعلى بكثير في الواقع، بحسب منظمة الصحة العالمية، اذ تفتقر البلاد، إحدى أفقر دول العالم، إلى وسائل فحص السكان ومراقبة تطور الأزمة الصحية. وأشارت منظمة الصحة العالمية في نهاية أيلول/سبتمبر، إلى أن 64% من مقدمي الرعاية الذين تم فحصهم كانوا مصابين بكوفيد-19، مما حد من قدرتهم على مواجهة الوباء في بلد تلقى 6 بالمئة فقط من سكانه البالغ عددهم 45 مليونًا اللقاح.