قالت وزارة التربية والتعليم إن لديها نظاماً آلياً لمتابعة المدارس الخاصة من خلال شبكة وزارة التربية والتعليم؛ يهدف لضبط بيانات طلبة المدارس الخاصة، وضبط بيانات الهيئتين الإدارية والتعليمية فيها، وتزويد إدارة التعليم الخاص والإحصاء التربوي بالإحصاءات اللازمة. وأشارت الوزارة إلى أن النظام يوفر لإدارة التعليم الخاص مجموعة من التقارير والإحصاءات التي تساعد الإدارة على متابعة وتدقيق البيانات كإحصاءات بأعداد الطلبة في المدارس والبيانات الشخصية الأساسية للمعلمين والموظفين فيها ومؤهلاتهم العلمية، إلى جانب مواد التدريس والصفوف الدراسية والمراحل التعليمية. وأضافت الوزارة بأن النظام يشمل أيضا طلبات التعيين والتجديد للموظف، وإصدار رسائل لمخاطبة الجهات المعنية وتحديد تاريخ التعيين وتاريخ التجديد، ورأي إدارة التعليم الخاص. وبينت الوزارة بأن النظام يشمل خاصية أخرى مخصصة لدى المدارس، ويتم الوصول لها من خلال شبكة الإنترنت العامة، وتتيح لمستخدمي المدارس الخاصة إضافة وتعديل كافة البيانات، وإضافة مستخدمين جدد داخل المدرسة مع تحديد الصلاحيات الخاصة بكل مستخدم، وهي متاحة باللغتين العربية والإنجليزية. وقسمت الوزارة هذه الخاصية إلى 3؛ شاشة البيانات الأساسية للمدرسة، وهي تحتوي على البيانات الأساسية للمدرسة، كما تحتوي على إحصائية مباشرة عن عدد الطلاب وفق الصف الدراسي، أما شاشة المستخدمين فتظهر فقط عند دخول المستخدم كمدير مدرسة بحيث تسمح له بإضافة أو حذف المستخدمين للبرنامج، كما يستطيع المدير منحهم صلاحيات محددة سواء الإضافة أو الحذف أو التعديل. وأخيرا شاشة الطلاب، إذ أوضحت الوزارة بأنها تتكون من البيانات الأساسية للطالب كرقم الطالب المدرسي، رقمه الشخصي والاسم باللغة العربية والإنجليزية وتاريخ الميلاد والصف الدراسي والمرحلة الدراسية، الجنسية والنوع ونظام الدراسة والعنوان وغيرها، موضحة بأنه يمكن للمستخدم الإضافة والتعديل والحذف وفقا للصلاحيات التي يمنحها له مدير المدرسة، كما يمكن للمستخدم البحث عن الطالب سواء بالرقم الشخصي أو الاسم. وفي الوقت الذي تقدر فيه أرقام وزارة التربية والتعليم أعداد طلبة المدارس الخاصة في المراحل الدراسية (التعليم الأساسي والتعليم الثانوي) بأكثر من 74 ألف طالب وطالبة، بينهم 33.219 طالباً بحرينياً بنسبة 45 في المئة، فيما يبلغ عدد المدارس الخاصة وفقاً لأحدث إحصائية (76) مدرسة منها (63) مدرسة خاصة بها مرحلة رياض أطفال، تتناقل الأوساط التربوية كثيرا من المشاكل المتعلقة حيالها، والتي تدور حول غياب التواصل بين المدارس الخاصة والوزارة في كثير من الأحيان، وأن أولياء الأمور يكونون مجبرين في كل مشكلة على نقلها للوزارة لإيجاد الحل، والتي منها: مشكلة زيادة الرسوم، نقص المعلمين، جداول الامتحانات، حالات الضرب وغيرها. ولفتوا إلى أن الوزارة تقوم بزيارات للمدارس الخاصة لمتابعة سير العملية التعليمية فيها، داعين إلى زيادة ما وصفوه بالزيارات «التفتيشية» للمدارس لمراقبة الحصص والجداول، ووجود عدد كاف من المعلمين، فضلا عن التواصل مع مجالس الآباء بشكل دوري؛ لنقل مشاكل المدارس الخاصة باعتبارها تضم عددا كبيرا من الطلبة. من جانبها، تؤكد الوزارة أن كل مدرسة تختلف باختلاف النظم التعليمية التي تنتهجها، والجهات التي تتبعها الهيئات الاستشارية التربوية، والتي تؤثر على توجه المسار التربوي لكل منها، فيما نوهت إلى أنها تقوم بتوفير المساعدة الفنية والدعم لجميعها، كالمساعدة في إيجاد العاملين من مدرسين ومدرسات، وتقديم الكتب المقررة لمواد اللغة العربية والتربية الإسلامية وتاريخ وجغرافية البحرين، وتخصيص اختصاصيين من الوزارة لتوجيه مدرّسي تلك المواد، وأن لكل مؤسسة تعليمية خاصة مناهجها وخططها الدراسية ومقرراتها وكتبها المدرسية الخاصة بها التي تقوم برفعها لوزارة التربية والتعليم لاعتمادها، للوزارة الحق في تعديل أو إيقاف أي مناهج أو كتب تتعارض مع القيم الدينية والقومية والوطنية للبلاد، كما بيَّنت أن الوزارة تقوم بالإشراف على مناهج اللغة العربية والتربية الإسلامية والمواد الاجتماعية وتوفير اختصاصيين من الوزارة لتوجيه مدرّسي هذه المواد.