شُيّد مسجد السقيا بالمدينة المنورة في موضع قبة النبي - صلى الله عليه وسلم - عند خروجه لغزوة بدر الشهيرة واستعراضه للجيش، وكان قوامه ثلاث مئة وبضعة عشر صحابيا، وفي الموضع المبارك قرب بئر السقيا وكانت الأرض ملكا للصحابي الجليل سعد بن أبي وقاص - رضي الله عنه - دعا النبي الكريم بالبركة المضاعفة لأهل المدينة، وفي الحديث: قال عليه الصلاة والسلام: ائتوني بوضوء، ثم توضأ، ثم قام فاستقبل القبلة وقال: «اللهم إن إبراهيم كان عبدك وخليلك ودعاك لأهل مكة بالبركة، وأنا عبدك ورسولك أدعوك لأهل المدينة المنورة أن تبارك لهم في مدهم وصاعهم مثل ما باركت لأهل مكة ومع البركة بركتين»، كما يروى أن الخليفة الثاني عمر بن الخطاب - رضي الله عنه - استسقى بعم النبي - صلى الله عليه وسلم - العباس بن عبدالمطلب - رضي الله عنه - في هذا المكان، عن أنس بن مالك - رضي الله عنه - أن عمر - رضي الله عنه - كان إذا قحطوا استسقى بالعباس بن عبدالمطلب وقال: «اللهم إنا كنا نستسقي إليك بنبينا فتسقينا، وإنا نتوسل إليك بعم نبينا فاسقنا، فيسقون»، والمسجد الأثري تعلوه ثلاث قباب دون مئذنة، أعيد ترميمه في عهد الملك فهد - رحمه الله -، وهو يقع إلى غرب المسجد النبوي الشريف داخل سور محطة سكة الحديد.