يزود معهد المسجد النبوي كل راغب بالعلوم والمعرفة الشرعية تحقيقًا لرسالة الحرمين الشريفين العلمية والدعوية المبنية على الاعتدال والوسطية والحرص على الارتقاء في سلم التميز على مستوى معاهد العالم الإسلامي، ويعكس هذا الأثر ويظهر ثمرات عالية لتحقيق الأهداف المرجوة. افتتحت فصول المعهد في بداية العام الدراسي 1423هـ – 1424هـ, فيما كانت أول بداية في القسم النسائي للمعهد عام 1438هـ – 1439هـ حيث بلغ إجمالي عدد الطلاب والطالبات فيه 1100 و54 من الكادر الإداري والتعليمي بالمعهد المكون من مرحلتين المتوسطة والثانوية ونظام الدراسة بكل مرحلة 3 سنوات والمعهد كغيره من الصروح التعليمية له نظام يسير عليه بجانب نظامه التعليمي من خلال التسجيل والدراسة والاختبارات . ويحرص المعهد على تعليم العلم الشرعي لكل راغب وفق منهج شرعي وتخريج جيل متميز يرقى بنفسه ووطنه ويسعى إلى النهوض بمسيرة أمته على هدي من كتاب الله عز وجل وسنة رسوله محمد صلى الله عليه وسلم . وخلال جائحة فيروس كورونا التي اجتاحت العالم حرصت وكالة الرئاسة العامة لشؤون المسجد النبوي على تنفيذ التوجيهات الصادرة من القيادة الرشيدة – حفظها الله – التي تهدف إلى حماية المواطنين والمقيمين من الوباء حيث صدر توجيه من معالي الرئيس العام لشؤون المسجد الحرام والمسجد النبوي الشيخ الدكتور عبدالرحمن بن عبدالعزيز السديس بتعليق الدراسة بنظام الانتظام وتفعيل الدراسة عن بعد من خلال تفعيل الإدارة العامة بمعهد المسجد النبوي خططاً وإستراتيجيات تضمن استمرار التعليم على نفس درجة الكفاءة من خلال التقنيات الحديثة والبدائل التكنولوجية التي ذللت الكثير من العقبات بفضل من الله سبحانه . وفي إحصائية التعليم الإلكتروني بمعهد المسجد النبوي بلغ عدد الحصص اليومية خلال التعليم الإلكتروني 90 حصة، حرص من خلالها المدرسون بالمعهد البالغ عددهم 36 معلماً ومعلمةً على تأدية رسالتهم بكل أمانة، وتعليم الطلاب بما ينفع دينهم ووطنهم .